Ema i czarny jaguar to zapierający dech w piersiach film familijny o przyjaźni między dzikim zwierzęciem a dziewczynką.
Ema, sześcioletnia dziewczynka mieszkająca w amazońskiej dżungli z rodzicami naukowcami, zaprzyjaźnia się z młodym jaguarem. Kiedy kłusownicy polują na jego matkę, czarny jak węgiel jaguar zostaje sam. Życzliwa dziewczynka przygarnia bezbronnego "kociaka" i nadaje mu imię Houp (Nadzieja). Niestety, kłusownicy wkrótce stają się odpowiedzialni za tragedię w rodzinie dziewczynki: pozostawiony sam sobie tata Emmy nie może dłużej przebywać w dżungli i wraca z córką do rodzinnego Nowego Jorku.
W mieście dziewczynka powoli przyzwyczaja się do cywilizacji, ale nie może zapomnieć o pięknie i wolności dżungli. I tak mija osiem lat. Niespodziewanie jednak dawny przyjaciel rodziny informuje ją, że kłusownicy ponownie obrali sobie za cel jedynego pozostałego w dżungli jaguara. Bez wahania nastolatka postanawia udać się do domu swojego dzieciństwa i zrobić wszystko, co w jej mocy, by ochronić swoją "nadzieję".
Zanim uda jej się przechytrzyć kłusowników, dziewczyna staje przed kolejnym wyzwaniem: czy Houp rozpozna ją po tylu latach? W końcu czarny jaguar już dawno przestał być uroczym kociakiem, którym był, a teraz jest w pełni rozwiniętą drapieżną bestią. Czy uda im się odnowić przyjaźń?