Wystawa "Sztuka wileńska w muzeach. 1939-1944" zaprasza zwiedzających do zapoznania się z najnowszymi badaniami z zakresu historii sztuki związanymi z procesami kształtowania się narodowego dziedzictwa sztuki podczas II wojny światowej. Wystawa koncentruje się na dwóch największych państwowych kolekcjach sztuki w Wilnie i Kownie. Prezentowane prace i materiały dokumentalne ujawniają strategie ochrony dziedzictwa stosowane przez litewskich muzealników podczas okupacji sowieckiej i nazistowskiej. Wystawa rozszerza również kontekst głównej wystawy NDG "Wilno, Wilno, Wilno 1918-1948" w celu poszerzenia wiedzy na temat integracji międzywojennych wileńskich dzieł sztuki z litewskimi narodowymi kolekcjami sztuki podczas wojny. Niektóre z tych dzieł są prezentowane na tej wystawie po raz pierwszy po ponad osiemdziesięciu latach spędzonych w ciemnościach skarbców.