LNF znajduje się na historycznym Starym Mieście w Wilnie, które upamiętnia najważniejsze etapy życia politycznego i kulturalnego miasta. Na początku XVI wieku w pobliżu murów obronnych miasta zbudowano Dom Kupców Ruskich, który służył jako dom handlowy i gościnny do końca XIX wieku. W tym czasie w Wilnie, które było częścią Imperium Rosyjskiego, postanowiono zbudować nowy reprezentacyjny ratusz i hotel na miejscu Ruskiego Domu Kupieckiego. Autorem projektu był rosyjski inżynier Konstanty Korojedow, którego projekt i budowa ratusza w 1902 r. do dziś pozostaje jednym z najważniejszych zabytków wileńskiej architektury historyzmu. W 1904 r. otwarto tu pierwszą litewską księgarnię w Wilnie, w 1905 r. zebrał się Wielki Sejm Wileński, który po raz pierwszy zażądał autonomii politycznej dla Litwy, a w 1906 r. odbyła się premiera pierwszej litewskiej opery narodowej - "Birutė" Mikisa Petrauskasa. W 1909 r. w Ratuszu zadebiutował Jascha Heifetz, jeden z największych skrzypków XX wieku. W 1940 r. wileński ratusz stał się siedzibą Państwowej Filharmonii Litewskiej SRR, która z kolei przejęła Wileńską Orkiestrę Symfoniczną założoną przez Balysa Dvarionasa (obecnie Litewska Narodowa Orkiestra Symfoniczna), Chór Mieszany oraz Zespół Pieśni i Tańca Ludowego. Filharmonia kontynuowała działalność koncertową podczas II wojny światowej. Po wojnie, aż do uzyskania przez Litwę niepodległości w 1990 roku, Filharmonia i wszystkie jej zespoły były podporządkowane radzieckiej sieci Sojuzkoncert, która miała monopol w całym Związku Radzieckim i obejmowała zarówno muzykę klasyczną, jak i rozrywkową lub tradycyjną. Jako substytut sowieckiej sieci filharmonicznej, Filharmonia Wileńska zmonopolizowała życie koncertowe w skali całej republiki, z oddziałami w kilku głównych miastach Litwy - Kownie (1944-2006), Kłajpedzie (1963-2004) i Szawlach (1982-2003) - które w tym czasie ukrywały kulturę muzyczną zatwierdzoną przez ideologię sowiecką w regionach. Po latach 90-tych, kiedy działalność i struktura LNF zostały zreorganizowane, pozostała ona największą instytucją koncertową w kraju.