Muzeum w Utenie zostało założone w 1929 roku. W dniu 22 listopada tego samego roku Zarząd Okręgu Utena, pismem nr 3444, zezwolił Antanasowi Namikasowi, inspektorowi szkół drugiego rejonu okręgu Utena, na założenie muzeum i mianował go jego kierownikiem. Namikas, który ukończył Cesarski Instytut Archeologii w Moskwie w 1917 r., zgromadził już znaczną kolekcję archeologii i starożytnych pism.
Muzeum otrzymało dużą salę w nowej szkole podstawowej. Obecnie jest to Szkoła Podstawowa im. Rapolasa Šaltenisa przy ulicy J. Basanavičiaus 32. Zarząd powiatu nie przeznaczył prawie żadnych funduszy na zakup eksponatów. Najcenniejsze eksponaty Namikas kupił za własne pieniądze, ale większość oddał za bezcen. Pranas Šulga, nauczyciel z Anykštė, podarował sześciosieczny buzdygan, a augustianie z Debejk podarowali portrety Gratkauskasów, uczestników powstania z 1831 roku. Nauczyciel Dapkus z Kuktiski przyniósł tabliczkę z nieczytelnymi znakami (pismo celownikowe?), nauczyciel Bronius Putrimas z Mazeliškiai przyniósł gliniane naczynie z monetami Jana Kazimierza, a kierownik szkoły w Alancie, Jonas Puodžius, podarował nawet złotego guldena. Wiele znalezisk archeologicznych (kamienne topory, włócznie) przyniósł do muzeum sam A. Namikas. Zbierał eksponaty i zachęcał innych do tego samego podczas swoich podróży służbowych. Dozorca szkoły, któremu zarząd powiatu płacił 15 litów miesięcznie, oprowadzał wycieczki po muzeum. Sam kierownik pracował za darmo. Mniejsze eksponaty muzeum umieszczono w czterech szklanych gablotach. Portrety, wrzeciona, wyroby z drewna i inne przedmioty wieszano na ścianach, a nawet umieszczano na parapetach. W 1940 r. w księdze rejestracyjnej odnotowano 740 eksponatów, ale wiele innych pozostało niezarejestrowanych.
Kiedy rozpoczęła się okupacja sowiecka, Namikas został zwolniony ze stanowiska i opuścił Utenę. Muzeum pozostało bez opieki. Podczas wojny większość eksponatów została zniszczona lub splądrowana. 25 marca 1945 r. Państwowa Komisja Pocztowa ZSRR wyznaczyła trzy stanowiska dla odbudowanego muzeum: dyrektora, głównego badacza i sprzątacza - Szwajcara. J. Petrulis, szef Departamentu Muzeów, wielokrotnie wzywał do odbudowy muzeum. Niestety, Wydział Kultury i Oświaty Komitetu Wykonawczego Okręgu Utena jeszcze 27 stycznia 1947 r. usprawiedliwiał się, że nie może odbudować muzeum z powodu braku mieszkań. Po długich apelach stanowisko dyrektora otrzymał Antanas Gadliauskas, inspektor szkół, a później Vera Bojeva, która ukończyła tylko trzy klasy.
01.06.1948 r. dyrektorem muzeum został mianowany Bronius Vansevičius. Przy ulicy S. Dariusa i S. Girėno muzeum otrzymało dwa pomieszczenia: 16 m2 na ekspozycję i 8 m2 do pracy. 10 lipca 1948 r. dyrektor wpisał pierwsze eksponaty zrekonstruowanego muzeum do księgi eksponatów. Wkrótce potem część kolekcji Antanasa Reinisa ze wsi Madagaskar, która została zrabowana przez Sowietów, trafiła do Muzeum Utena. Jonas Novoselskis, dyrektor Szkoły Podstawowej w Utenie, przekazał ocalałe eksponaty muzeum założonego przez A. Namikasa. Zinwentaryzowano również fotografie Elty, a po pół roku muzeum liczyło już 417 eksponatów.
Od pierwszego roku pracy nad odrestaurowanym muzeum czuwał Snetkovas Snetkovas, przedstawiciel Glavlitasa (cenzora) na okręg Utena - sekretarz komitetu okręgowego LKP Utena. Gdy tylko muzeum rozpoczęło pracę, nakazał spisać cenne XVII-wieczne księgi urodzeń (chrztów) i osiem rzeźb świętych. Trzy lata później ponownie nakazał spisać część sztuki ludowej, fotografii i książek. Nawet fotografie "obrońców ludu" - szorowarek - nakazano zdjąć. Władze radzieckie chciały w ten sposób ukryć fakt, że pierwszym skupiskom zboża dla państwa towarzyszyli uzbrojeni Skrebowie, bez których nie mogły się odbyć wybory i deportacje.
W 1951 r. muzeum przeniosło się do większej siedziby przy ulicy J. Basanavičiaus nr 55 (obecnie nr 64). W 1955 r. Karolis Keras rozpoczął pracę jako asystent naukowy. Był szczególnie zainteresowany badaniami archeologicznymi (w osadzie Galeliai, osadzie Narkūnai i starej osadzie Pušalotas), w których sam uczestniczył. W 1957 r. Keras, który sam został dyrektorem, dołożył wszelkich starań, aby Muzeum otrzymało dawny budynek Komitetu Rewolucyjnego z lat 1918-1919 przy placu Uteni (wówczas Tarybų) nr 1. W 1962 r. dyrektorem muzeum została Genė Vaškelytė, a wiosną 1968 r. zastąpiła ją Vincenta Račienė. Nowa dyrektorka w szczególny sposób zajęła się rekonstrukcją wystawy. Przygotowywano plany ekspozycji, intensywnie gromadzono eksponaty i rozpoczęto gruntowny remont muzeum. W 1971 r. w Tauragnai otwarto pierwszy oddział Muzeum Historii Regionalnej Uteny - Muzeum Pamięci T. Tilvytisa.
W 1973 r. dyrektorem muzeum został Balys Juodzevičius. W tym samym roku otwarto nową ekspozycję muzeum. Rzemiosło (kowalstwo, garncarstwo) i obróbka lnu zostały wystawione w piwnicy muzeum. Na parterze dodano działy przyrodniczy, archeologiczny i historyczny. Dużo miejsca poświęcono XIX-XX wiekowi. Ekspozycja obejmuje również dział rolnictwa i życia chłopskiego. Nieźle wykonano dział sztuki ludowej i sklepik chłopski. Drugie piętro zostało poświęcone historii obszaru Utena od 1917 roku do dnia dzisiejszego. Jedna z sal poświęcona była zmieniającym się wystawom. W miarę jak socjalizm "dojrzewał" po każdym kongresie partii komunistycznej, potrzebował coraz więcej miejsca. Zmiany na drugim piętrze nie miały końca.
Po gruntownej renowacji w 1970 roku, muzeum zostało bez miejsca do przechowywania. Eksponaty zostały zapakowane do awaryjnego, nieogrzewanego domu. W tamtym czasie dążono do zniszczenia zagród. Bez możliwości przechowywania i transportu muzeum straciło tysiące cennych eksponatów. Minęło kilka lat, zanim stopniowo utworzono niewielki magazyn w budynku obok muzeum (3 Utenio Avenue). Stopniowo zbiory muzeum powiększały się. Pod koniec 2007 roku Muzeum Historii Regionalnej Utena posiadało 60876 eksponatów. Od 1948 do 2002 roku całkowita powierzchnia muzeum wzrosła z 24 m2 do 790,92 m2. Do około 1990 r. muzeum było międzyokręgowe (Anykščiai, Molėtai i Utena). Po założeniu muzeum w Molėtai i po tym, jak Anykščiai zaczęły gromadzić materiały nie tylko o anykščiańskich pisarzach, Muzeum Historii Regionalnej Utena pozostało tylko w dzielnicy Utena.
W latach 2000-2001 muzeum przeszło gruntowną renowację z rekonstrukcją. Oba budynki zostały połączone, a magazyn eksponatów przeniesiono do dawnego schronu (15, Utenias Avenue). Architekci Julius Masalskis i Vytautas Zaranka zaprojektowali nową ekspozycję muzeum. Meble do nowej ekspozycji zostały wykonane przez indywidualną firmę Architera Žilvinasa Malinauskasa. Rozpoczęły się przygotowania do nowych wystaw. Muzeum prowadzi działalność naukowo-badawczą i wydawniczą, aktywną działalność wystawienniczą, edukacyjną i wydarzenia kulturalne.