Kościół jest główną atrakcją miasta Vilkija i ważnym punktem orientacyjnym wzdłuż długiego odcinka doliny Niemna (jego wieże mają 35 m wysokości). Autor projektu jest nieznany.
Kościół jest neogotycki, na planie krzyża łacińskiego, z wieloboczną absydą i dachem z dwiema kopułami. Wnętrze ma 3 nawy. Fasada frontowa jest złożona, podzielona lekko cofniętym frontonem między dwie wysokie wieże. Na cmentarzu przykościelnym w 1960 r. wzniesiono drewnianą kaplicę autorstwa artysty ludowego J. Mikutaitisa, a w 2014 r. odsłonięto kamień z płaskorzeźbą prezydenta Valdasa Adamkusa.
