Debiutancki spektakl reżysera powstał w Państwowym Teatrze Młodzieży na podstawie sztuki Shelagho Delaneya Smak miodu (1977). Przez rok pracował w Narodowym Teatrze Dramatycznym w Kownie, gdzie wystawił ballady Ivanova i Sauliusa Šaltenisa Duokiškisa Antoniego Czechowa (1978). Wracając do Teatru Młodzieży, stworzył spektakle, które składają się na XX wiek. Litewski Teatr Złoty Fundusz: Kvadratas wg opowiadania Walentyny Jelisejevej O było tak... (1980), Pirosmani, Pirosmani wg Vadima Korostyliovej (1981), Miłość i śmierć w Weronie wg Kęstutisa Antanelisa i Sigitasa Geda (1982), A wieków na podstawie Czyngisa Ajtmatowa (1983), Wujaszka Wania Antoniego Czechowa, Nos na podstawie opowiadania Nikołaja Gogola o tym samym tytule (1991). w 1992 roku Eimuntas Nekrošius został dyrektorem założonego wówczas litewskiego międzynarodowego festiwalu teatralnego LIFE. Na scenie tej wystawiono słynne spektakle: Mozarta i Saliera, Don Juana, Dżumy według Aleksandra Puszkina (1994), Trzy siostry Antoniego Czechowa (1995), Hamleta Williama Szekspira (1997). w 1998 roku założył swoje studio teatralne Meno fortas, którym kierował do śmierci. Pierwszym przedstawieniem wystawionym w Forcie Sztuki był Makbet W. Szekspira (1999), aw 2000 - Otello. Występy Nekroshiego objeżdżały miasta Europy, Azji i Ameryki. Ważniejsze dzieła wystawiane we Włoszech: wyreżyserowane w La Scali w Mediolanie, Teatro Argentina w Rzymie, Teatro Massimo w Palermo, Teatro Storchi w Modenie. Reżyser w 2012 i 2013 r. był dyrektorem artystycznym Festiwalu Spektakli Klasycznych w Teatro Olimpico w Vicenzy. W Rosji Eimuntas Nekrošius stworzył w Teatrze Wielkim Teatr Narodów w Moskwie. Na Litwie współpracował z Narodowym Teatrem Dramatycznym w Wilnie, gdzie w 2012 roku wystawił Boską Komedię, a w 2015 – Borysem Godunowem (na podstawie Aleksandra Puszkina) oraz Litewskim Narodowym Teatrem Opery i Baletu, gdzie wyreżyserował Walkirię Ryszarda Wagnera ( 2007) i Otello Giuseppe Verdiego (2011). Inne znane produkcje Nekrošiusa to Pieśń nad Pieśniami na podstawie Starego Testamentu (2004), Faust Johanna Wolfganga von Goethego (2006), Anna Karenina Lwa Tołstoja (2008), Idiota Fiodora Dostojewskiego (2009), Faust Karola Gounoda (2010), Raj (na podstawie Dante Alighieri, 2013), Księga Hioba (2013), Noce Adama Mickiewicza (Teatr Narodowy, 2016). (2018). Eimuntas Nekrošius zmarł 20 listopada 2018 r., pochowany na cmentarzu w Szydłowie.