Był ważnym francusko-flamandzkim kompozytorem i teoretykiem muzyki z okresu późnego średniowiecza. Urodził się w Liège, ale przez większość swojego dorosłego życia pracował we Włoszech, szczególnie w służbie kaplic papieskich w Rzymie, a później i przede wszystkim w katedrze w Padwie.
Był synem księdza (również o imieniu Johannes Ciconia) i kobiety o wysokiej pozycji społecznej. Ponieważ co najmniej trzech innych mężczyzn w okolicach Liège również nosiło to imię, spowodowało to zamieszanie biograficzne, po raz pierwszy rozwiązane przez Davida Fallowsa w 1975 roku. Johannes Ciconia, prawdopodobnie ojciec kompozytora, pracował w Awinionie w 1350 roku jako urzędnik żony bratanka papieża Klemensa VI. Inny Johannes Ciconia jest zarejestrowany w Liège w 1385 roku jako duodenus, ogólnie identyfikując osobę w młodym wieku; naukowcy zgadzają się, że jest to sam kompozytor.
Papieskie zapisy sugerują, że Ciconia był w służbie papieża Bonifacego IX w Rzymie w 1391 roku. Jego miejsce pobytu między wczesnymi latami dziewięćdziesiątymi XIII wieku a rokiem 1401 nie jest znane. Od 1401 r. aż do śmierci w 1412 r. był w jakiś sposób związany z katedrą w Padwie. Nie jest jednak jasne, czy Ciconia przybył do Padwy wcześniej niż w 1401 roku. Jego lament Con lagrime bagnadome jest opisany w jednym źródle jako napisany na śmierć Francesco z Carrary - jeśli odnosi się to do Francesco il Nuovo ("Nowego"), to pochodzi z okresu po 1406 roku; jeśli jednak został napisany na śmierć Francesco il Vecchio ("Starego"), jak założyli uczeni, to umieściłoby go w Padwie już w 1393 roku. Istnieje również możliwość pośredniego pobytu w Pawii (jak sugerują badacze John Nádas i Agostino Ziino), ponieważ to właśnie tam związał się z domem Viscontich i zdobył wiedzę na temat stylu ars subtilior oraz kompozycji Philippusa de Caserta cytowanych w jego Sus un fontayne ("Pod fontanną") (patrz poniżej).
Muzyka Ciconii to eklektyczna mieszanka stylów. Utwory typowe dla północnych Włoch, takie jak jego madrygał Una panthera, pojawiają się wraz z utworami przesiąkniętymi francuską ars nova. Bardziej złożony styl ars subtilior pojawia się w Sus un fontayne. Choć jego styl pozostaje późnośredniowieczny, jego twórczość coraz bardziej wskazuje na wzorce melodyczne renesansu, na przykład w jego aranżacji O rosa bella. Pisał muzykę zarówno świecką (francuskie virelais, włoskie ballate i madrygały), jak i sakralną (motety i części mszy, niektóre z nich izorytmiczne). Jest także autorem dwóch traktatów o muzyce, Nova Musica i De Proportionibus (który rozszerza niektóre idee zawarte w Nova Musica). Jego teoretyczne idee wywodzą się z bardziej konserwatywnej tradycji Marchettian, w przeciwieństwie do jego padewskiego współczesnego Prosdocimusa de Beldemandis.
Chociaż kontrafakty i późniejsze rękopiśmienne źródła jego kompozycji sugerują, że był dobrze znany we Florencji, jego muzyka jest ledwo reprezentowana w głównych florenckich źródłach z tego okresu; na przykład Squarcialupi Codex nie zawiera nic autorstwa Ciconii. Z drugiej jednak strony, wiele jego motetów i części mszalnych znajduje się w manuskrypcie znanym jako "Bologna MS Museo Internazionale e Biblioteca della Musica Q15".
