Od 1948 r. Kropfreiter spędził lata szkolne w katolickim gimnazjum biskupim w Petrinum, gdzie otrzymał pierwsze podstawowe wykształcenie muzyczne. Natychmiast po ukończeniu szkoły średniej wstąpił do augustiańskiej kanonii św. Floriana w 1953 r.; ze względu na jego niezwykły talent muzyczny ustanowiono dla niego status brata chóru, ponieważ Kropfreiter nie studiował teologii i nie był wyświęconym księdzem. W klasztorze początkowo uczył się teorii muzyki od organisty Johanna Krichbauma. W latach 1955-1960 studiował kompozycję i grę na organach w Konserwatorium Brucknera w Linzu oraz w Wiedeńskiej Akademii Muzycznej. Po ukończeniu studiów muzycznych został mianowany organistą klasztornym w St. Florian; pełnił tę funkcję aż do śmierci. Przez pewien czas był również nauczycielem chóru chłopięcego St. Florian, a od 1966 r. dyrektorem chóru klasztornego (Regens Chori). Zmarł w St. Florian w 2003 roku w wieku 68 lat. Kropfreiter stworzył obszerną twórczość organową, czyniąc go jednym z najważniejszych austriackich kompozytorów organowych XX wieku. Pomógł klasztorowi St. Florian stać się jeszcze bardziej znanym. Skomponował kilka dzieł orkiestrowych (m.in. koncerty organowe, 3 symfonie), msze, muzykę kościelną, chóralną, kameralną i organową (m.in. Toccata francese, Signum, liczne opracowania chorałów o różnym stopniu trudności), dzięki którym stał się znany nie tylko w Austrii. W swoich kompozycjach kładł duży nacisk na politonalność i kontrapunkt Hindemitha.
