Lavignac urodził się w Paryżu i studiował u Antoine'a François Marmontela, François Benoista i Ambroise'a Thomasa w Conservatoire de Paris, gdzie później uczył harmonii. Wśród jego uczniów byli Henri Casadesus, Claude Debussy, Vincent d'Indy, Amédée Gastoué, Philipp Jarnach, Henri O'Kelly, Gabriel Pierné, Wadia Sabra, Florent Schmitt. Zobacz: Lista studentów muzyki według nauczycieli: K do M#Albert Lavignac.
W marcu 1864 roku, w wieku osiemnastu lat, dyrygował z fisharmonii prywatną premierą Petite messe solennelle Gioachino Rossiniego.
Jego skondensowana praca, La Musique et les Musiciens, przegląd gramatyki muzycznej i materiałów, była nadal przedrukowywana wiele lat po jego śmierci. Scharakteryzował w nim szczególne cechy instrumentów i każdej z tonacji, podobnie jak uczynili to Berlioz i Gevaert (Traité d'orchestration, Gand, 1863, s. 189).