Okres życia Antokolskiego spędzony w Wilnie nie jest dobrze zbadany, a historycy podają różne wersje jego biografii. W przeszłości encyklopedie i inne publikacje podawały rok urodzenia jako 1843. W 2000 r. pracownik Litewskiego Państwowego Archiwum Historycznego odkrył zapis metrykalny dowodzący, że Antokolskis urodził się w 1840 roku. W latach 1856-1861 studiował rzeźbiarstwo. Jego pierwsze prace zostały zauważone przez żonę Nazimowa, generał-gubernatora wileńskiego, a jej rekomendacje pomogły przyszłemu rzeźbiarzowi dostać się do Akademii Sztuk Pięknych w Petersburgu. Po jej ukończeniu studiował w Berlinie, w 1871 r. mieszkał w Rzymie, a od 1879 r. w Paryżu. Zmarł w 1902 r. w Bad Homburg w Niemczech. W tym samym roku, podczas transportu jego szczątków do Petersburga, zatrzymano się na dworcu kolejowym w Wilnie, aby publiczność mogła pożegnać urodzonego w Wilnie rzeźbiarza. Został pochowany na Cmentarzu Żydowskim Preobrażeńskim w Petersburgu.
Antokolsky słynął z rzeźb postaci historycznych (np. rosyjskich carów: "Iwana Groźnego", "Piotra Wielkiego", "Iwana III"), a także z prac o tematyce religijnej i filozoficznej. Jego twórczość charakteryzuje się żydowskimi postaciami i tematami ("Spór o Talmud", "Głowa Żyda" itp.). Większość dzieł Antokolskiego zachowała się w Moskwie i Petersburgu.
M. Antokolski mieszkał w Wilnie tylko do 18 roku życia. Później regularnie powracał do ojczyzny. Podczas pobytu w Wilnie stworzył swoje wczesne prace "Żydowski krawiec" i "Skąpiec". Zlecono mu stworzenie pomnika rosyjskiej cesarzowej Katarzyny II, który wykonał w Paryżu podczas swoich regularnych wizyt w Wilnie. Pomnik został odsłonięty po śmierci rzeźbiarza w 1904 r. w Wilnie na Placu Katedralnym, a w 1915 r. został zdemontowany i wywieziony do Rosji, jednak nie zachował się.
W 1906 r. w drzwiach domu przy ulicy Didžioji 25 (obecnie dzielnica Stare Miasto) w Wilnie odsłonięto tablicę pamiątkową. Napis na tablicy głosi, że rzeźbiarz urodził się i mieszkał w tym domu. W 1976 r. historyk sztuki Vladas Drėma napisał, że historia stojąca za tablicą jest inna. Antokolskis otrzymał dom jako posag swojej żony po ślubie w 1872 r. i powierzył go w zarządzanie swojemu ojcu. Uważa się, że tablica pamiątkowa informująca, że Antokolski urodził się w tym domu, została umieszczona po śmierci rzeźbiarza przez krewnych, którzy odziedziczyli duży murowany dom, aby ukryć pochodzenie rzeźbiarza (jego ojciec był karczmarzem), miejsce urodzenia i prawdziwe nazwisko (Morduch). Współcześni rzeźbiarzowi i badacze twierdzili, że w rzeczywistości urodził się i wychował w drewnianym domu ojca na odludnej ulicy w Subačiaus. W 1993 r. Genrichas Agranovskis, pracownik Muzeum Żydowskiego w Wilnie, napisał na podstawie dokumentów archiwalnych, że zachował się list od ojca rzeźbiarza, który mieszkał w domu przy ulicy Didžioji 208 (posesja nr 208 obejmuje obecny dom nr 25), z powodu konfliktu między ojcem rzeźbiarza a jego sąsiadami w sprawie budowy lodowni nad ich domem. Dokument ten dowodzi, że jest to ten sam dom, w którym urodził się Antokolskis.
W 2003 r., z okazji 100. rocznicy śmierci rzeźbiarza, na tym samym budynku przy ulicy Vilniaus Didžioji 25 odsłonięto kolejną tablicę pamiątkową, ale od strony ulicy Antokolskis (rzeźba Vytautasa Zaranki). Tablica informuje w języku litewskim i rosyjskim, że w tym domu urodził się i mieszkał rzeźbiarz Markas Antokolskis (1840-1902). Nawiasem mówiąc, tablica pamiątkowa podaje rzeczywisty rok urodzenia rzeźbiarza jako korektę.