1920-1940 mieszkał na stałe w Kownie, 1940-1954 pracował w Wilnie, ale w wolnych chwilach wracał do Kowna, gdzie mieszkała jego rodzina.
W 1920 r., po zajęciu Wilna przez L. Żeligowskiego, znalazł się w Kownie i został mianowany przedstawicielem rządu litewskiego w komisji kontroli wojskowej Ligi Narodów, która miała rozwiązać konflikt zbrojny między Litwą a Polską. Pracował tam do 1922 r. Od 1922 do 1924 r. był dyrektorem Departamentu Ligi Narodów i Departamentu Polskiego w Ministerstwie Spraw Zagranicznych, a od 1924 do 1929 r. był samodzielnym zastępcą szefów różnych departamentów.
Był wykształcony i znał kilka języków obcych, dlatego brał udział w wielu międzynarodowych negocjacjach i konferencjach.1924-1932 - wykładowca na Wydziale Historii Uniwersytetu Litewskiego, od 7 czerwca 1929 r. - docent. Pod koniec 1931 r. został kierownikiem katedry, w 1932 r. - profesorem. Wykładał historię Rosji, Polski, Francji, Łotwy i Prus, ale najciekawsze były wykłady z historii Litwy, litografowane i wydane przez studentów w trzech tomach. Do Encyklopedii Litewskiej, która ukazała się w 1931 r., pisał artykuły o książętach, szlachcie, postaciach politycznych i traktatach, a także o źródłach historycznych. Napisał opracowania o Michale Litwinie i "O obyczajach Tatarów, Litwinów i Moskali", ale jego największym dziełem jest "Ród Witolda" (1932).
W 1933 r. był kierownikiem kursu dla nauczycieli historii Litwy. Jednym z jego najzdolniejszych uczniów był Adolfas Šapoka.
I. Jonynas rozpoczął tworzenie biblioteki naukowej w Kownie. Z okazji 100. rocznicy urodzin i 30. rocznicy śmierci profesora wydano książkę w serii "Pomniki nauki litewskiej". Jonynas. W 1991 r. w Žaliakalnis, na domu przy ul. Rūtų 3, odsłonięto tablicę pamiątkową z następującym napisem: "W tym domu w latach 1927-1954 mieszkał historyk, profesor Ignas Jonynas."
W 2008 r. planowanej ulicy w Maironiškiai nadano imię I. Jonynasa.