Urodził się w rodzinie rolników Antanasa Mikutisa i Ony Benetytė (dzieci: Antanas (ur. w 1917 r.), Ona (ur. w 1918 r.), Justinas (ur. w 1922 r.), Ignas (ur. w 1924 r.)) W 1931 r. został przyjęty do 3 klasy szkoły podstawowej w Gintališkės, którą ukończył w 1934 roku. Jesienią tego samego roku wstąpił do Gimnazjum Franciszkanów w Kretyndze i ukończył je w 1941 roku. W 1942 r. wstąpił na Wydział Filozoficzny Uniwersytetu Witolda Wielkiego w Kownie, aby studiować język i literaturę litewską, ale w marcu 1943 r., kiedy VMU został zamknięty, wrócił do Żmudzi. W październiku 1943 r. rozpoczął pracę jako nauczyciel w szkole Šiemulių w Kulių Valsčius, a w grudniu 1943 r. przeniósł się do szkoły podstawowej Grigaičiai (Platelių Valsčius, obecnie rejon płungiński). Został aresztowany w grudniu 1945 r., fałszywie skazany na podstawie art. 58 Kodeksu Karnego Rosyjskiej SRR i deportowany do obozu Uchta w czerwcu 1946 r., a w 1951 r. przeniesiony do obozu Workuta w Komunistycznej Republice Komi. Został zrehabilitowany w 1956 r., powrócił na Litwę i stopniowo stał się symbolem nieprzystosowanej kultury, wpływając nie tylko na działaczy kulturalnych sowieckiej Litwy, ale także na kręgi dysydenckie w Moskwie i Leningradzie.
Z powodu bezkompromisowej postawy wobec sowieckiego reżimu i nadszarpniętego na zesłaniu zdrowia musiał zarabiać na życie, wykonując prace nieodpowiadające jego intelektowi i erudycji: w wileńskim oddziale Eksperymentalnego Instytutu Badawczego Obrabiarek do Metalu pracował jako tłumacz techniczny (znał polski, niemiecki, francuski i rosyjski), a później jako dźwigowy w fabryce. Jego genialna osobowość była szczególnie wyjątkowa, gdy pracował jako pozer w Wileńskiej Szkole Artystycznej i Instytucie Sztuki (1957-1961, 1975-1981). Podczas przerw, przeglądów prac, wernisaży wystaw i dyskusji, a także podczas wycieczek, przekazywał uczniom i studentom swoje oryginalne poglądy na temat literatury, sztuki, architektury, historii, religii, filozofii, a zwłaszcza egzystencjalizmu (według prof. Arvydasa Šaltenisa studenci odbyli z nim kurs estetyki, literatury i filozofii sztuki). Z pamięci recytował w oryginale Hölderlina, Georga Trakla, R.M. Rilkego, J.W. Rilkego. Zmarł dzień przed powstaniem Litewskiego Ruchu Perswazyjnego. Został pochowany na cmentarzu Karveliškių w Wilnie. W 1989 r., w rocznicę śmierci Justynasa, monsignore Kazimieras Vasiliauskas poświęcił nagrobek wyrzeźbiony przez Viliausa Orvidasa - "Ukrzyżowany Chrystus".
Nagrobek Viliausa Orvidasa na grobie Justinasa Mikutisa
Justinas Mikutis nie tylko kształcił, ale także rozwijał ludzkie wartości, świadomość moralną i polityczną. Justinas był nazywany Nauczycielem przez trzy pokolenia artystów i uważany za przyjaciela: Vincas Kisarauskas, Saulė Kisarauskienė, Antanas Kmieliauskas, Vladas Vildžiūnas, Vytautas Šerys, Alfonsas Vincentas Ambraziūnas, Valentinas Antanavičius, Šarūnas Šimulynas, Ignas Budrys, Algimantas Stankevičius-Stankus; Leonardas Gutauskas, Arvydas Šaltenis, Petras Repšys, Povilas Ričardas Vaitiekūnas, Algimantas Švėgžda, Antanas Martinaitis; Arūnas Vaitkūnas, Audrius Naujokaitis, Eugenijus Varkulevičius, Algė Stankutė-Dargienė, Eglė Velaniškytė, Audrone Petrašiūnaitė, Vilius Orvidas i inni. Wielu z nich narysowało, namalowało lub wyrzeźbiło portrety Justyny (ponad 70 prac). Wystawy poświęcone pamięci Justyny odbyły się w dniach 24 maja - 5 czerwca 1989 roku. Pałac Pracowników Sztuki w Wilnie, 27 kwietnia - 31 maja 2002 r.
Wpływ Justinasa odczuli i zaprzyjaźnili się z nim także ludzie kultury innych profesji: Sigitas Geda, Stasys Jonauskas, Petras Juodelis, Vytautas Klova, Marcelijus Martinaitis, Bronius Kutavičius, Edmundas Gedgaudas, poeta czuwaski Giennadij Aigi itd.
Justinas jest również upamiętniony w literaturze: w powieściach Leonardasa Gutauskasa "Naszyjnik z wilczych zębów", "Listy z Viešvilė", eseju "Pożegnanie Nebylusa" i wierszu "Justinas Mikutis" (w zbiorze "W porządku"); Genadijus Aigi również poświęcił Justinasowi wiersz.
Mowa była o "akcie twórczym Justina" (Vladas Vildžiūnas), "teatrze filozoficznym jednego człowieka" (Alfonsas Ambraziūnas). Mikutis nie próbował spisać wszystkich swoich myśli, ale pozostawił co najmniej 190 stron rękopisów, z których część została nagrana przez jego przyjaciół na taśmach magnetofonowych. W latach 1988-1997 w czasopismach odrodzonej Litwy ukazało się kilka jego publikacji, audycji radiowych, wspomnień litewskich artystów i przyjaciół o Justinasie oraz dwuczęściowy film dokumentalny "Wino agrestowe" (1991). Tomas Sakalauskas napisał o nim w swojej książce "Czwarty wymiar" (1998).