W wieku 7 lat Atef przeprowadziła się z Berlina do Los Angeles wraz z francusko-irańskimi rodzicami i bratem, perkusistą Cyrilem Atefem. Miała 13 lat, gdy przeprowadzili się do Francji, gdzie Atef ukończyła szkołę; później przeniosła się do Londynu, by pracować jako aktor na londyńskiej scenie teatralnej. Atef wróciła do Berlina, aby studiować reżyserię filmową na Deutsche Film- und Fernsehakademie Berlin (DFFB).
Podczas kończenia studiów na DFFB, Atef wyreżyserowała swój pierwszy pełnometrażowy film Molly's Way, który, podobnie jak jej dwa kolejne filmy fabularne, był współtworzony przez Esther Bernstorff. Film ten zdobył między innymi cenioną nagrodę dla debiutanta na Międzynarodowym Festiwalu Filmowym w Monachium (Filmfest München) za najlepszy scenariusz oraz Wielką Nagrodę Jury na Festiwalu Filmowym w Mar del Plata. Jej drugi pełnometrażowy film Das Fremde in mir (The Stranger in Me) miał swoją światową premierę podczas prestiżowego Międzynarodowego Tygodnia Krytyki na Festiwalu Filmowym w Cannes i zdobył liczne nagrody. Na rozwój swojego trzeciego filmu fabularnego, Töte Mich (Zabij mnie), otrzymała stypendium od Cinéfondation Festiwalu Filmowego w Cannes. Film był dystrybuowany przez Les Films du Losange.
Kolejnym projektem Atef na duży ekran był film 3 Days in Quiberon, napisany i wyreżyserowany przez Atef, przedstawiający trzy emocjonalne dni jednej z największych europejskich gwiazd i ikon, Romy Schneider. Film 3 Days in Quiberon miał swoją światową premierę w sekcji konkursowej 68. Międzynarodowego Festiwalu Filmowego w Berlinie i walczył o Złotego Niedźwiedzia. 3 Days in Quiberon był wielkim zwycięzcą podczas rozdania nagród Niemieckiej Akademii Filmowej w 2018 roku, zdobywając siedem Loli: Złotą Lolę dla najlepszego filmu, a także statuetki dla najlepszego reżysera dla Atefa, głównej aktorki Marie Bäumer, aktorów drugoplanowych Birgit Minichmayr i Roberta Gwisdka, operatora Thomasa W. Kiennasta oraz kompozytorów Christopha M. Kaisera i Juliana Maasa.
Po tym filmie powstał pierwszy francuski film Atefa, More Than Ever (Plus Que Jamais), w którym główne role zagrali Vicky Krieps i Gaspard Ulliel w swojej ostatniej kinowej roli. Film miał swoją premierę w sekcji Un Certain Regard na 75. festiwalu filmowym w Cannes. More Than Ever spotkał się z uznaniem krytyków: Robert Abele dla Los Angeles Times napisał: "Przemyślane studium charakteru reżyserki i współscenarzystki Emily Atef, zakotwiczone przez jedną z największych aktorek obecnego krajobrazu filmowego, Vicky Krieps z Phantom Thread, ma na celu uniknięcie sentymentalizmu i wysunięcie na pierwszy plan poszukiwania nowego, niezbadanego spokoju". Pisząc dla Indiewire, Steph Green powiedziała: "Atef omija nieunikniony pogrzeb i zamiast tego zamyka film jedną z najlepszych scen seksu w najnowszej kinematografii."
Someday We'll Tell Each Other Everything (niem. Irgendwann werden wir uns alles erzählen) to pierwsza adaptacja powieści Atefa, oparta na powieści o tym samym tytule autorstwa Danieli Krien, która również współadaptowała powieść z Atefem na ekran. Akcja filmu, w którym główne role zagrali Marlene Burow i Felix Kramer, rozgrywa się latem 1990 roku w byłych Niemczech Wschodnich i opowiada o młodej kobiecie, która rozpoczyna związek z charyzmatycznym hodowcą koni, dwa razy starszym od niej. Film został wybrany do rywalizacji o Złotego Niedźwiedzia na 73. Międzynarodowym Festiwalu Filmowym w Berlinie, gdzie miał swoją światową premierę 17 lutego 2023 r.
Płodny dorobek Atef obejmuje również kilka filmów telewizyjnych i streamingowych, w tym dramaty telewizyjne Wunschkinder napisany przez zdobywczynię Grimme-Preis Dorothee Schön i wyprodukowany przez X Filme Creative Pool, Königin der Nacht (Queen of the Night) i Macht euch keine Sorgen (Don't worry, I'm fine). Była również odpowiedzialna za odcinek czarnej komedii do najstarszego i najbardziej uznanego niemieckiego serialu kryminalnego Tatort, Tatort: Falscher Hase (Run Rabbit Run), którego była współautorką i reżyserką, zainspirowaną filmem braci Coen Fargo. Wkrótce potem wyreżyserowała thriller Jackpot, nominowany do renomowanej niemieckiej nagrody telewizyjnej Goldene Kamera.
W 2022 roku Atef wyreżyserowała 2 odcinki 4 i ostatniego sezonu czarnego serialu komediowego Killing Eve, odcinek 5 Don't Get Attached. i odcinek 6 Oh Goodie, I'm the Winner, który był najlepiej ocenianym odcinkiem sezonu.