Były litewski koszykarz podpisał dwuletni kontrakt z Armani Jeans Milano 1 lipca 2009 roku. 8 lutego 2012 roku podpisał kontrakt do końca sezonu z Kaunas Baltas. 24 kwietnia 2012 roku podpisał roczny kontrakt, z opcją przedłużenia o kolejny sezon, ze Sieną Montepaschi. 24 lipca 2012 roku podpisał roczny kontrakt z Panathinaikosem Ateny.
26 lipca 2014 roku podpisał dwuletni kontrakt z Realem Madryt. Został zwolniony przez Real Madryt na początku marca 2018 roku. 10 sierpnia 2018 roku podpisał roczny kontrakt z greckim AEK Ateny. Na początku lipca 2019 r. jego kontrakt został przedłużony o sezon, a na początku sierpnia 2020 r. przedłużył umowę z Atenami do końca sezonu 2021. Na początku czerwca 2021 r., po zdobyciu brązowego medalu w Mistrzostwach Grecji, opuścił Ateny.
Jonas Mačiulis nazywa się tak samo jak jeden z najsłynniejszych litewskich poetów XX wieku, Jonas Mačiulis-Maironis, dlatego czasami jest nazywany przez kolegów z drużyny i fanów "Maironis".
W dniu 9 września 2021 r. Mačiulis ogłosił, że przechodzi na emeryturę z AEK Ateny i został konsultantem Nevėžis Kėdainiai. 10 czerwca 2022 r. został dyrektorem sportowym klubu.
