Był francuskim muzykiem, który był wybitnym wykonawcą na flecie, szanowanym dyrygentem i kompozytorem, głównie na flet.
Gaubert - powszechnie nazywany Gauberto - urodził się w Cahors, ale przeniósł się do Paryża z rodzicami, gdy miał sześć lat. Jego matka, która pracowała jako gosposia, od czasu do czasu sprzątała mieszkanie Paula Taffanela, który zaczął uczyć Philippe'a gry na flecie. Taffanel był profesorem fletu w Konserwatorium Paryskim, a Gaubert rozpoczął tam studia w 1893 roku, w wieku 13 lat.
Stał się jednym z najwybitniejszych francuskich muzyków w okresie międzywojennym. Po wybitnej karierze flecisty w Paryskiej Operze, został mianowany w 1919 roku, w wieku czterdziestu lat, na trzy stanowiska, które umieściły go w samym centrum francuskiego życia muzycznego:
profesor fletu w Conservatoire de Paris (nauczyciel Marcela Moyse'a)
główny dyrygent Paryskiej Opery
Główny dyrygent Orchestre de la Société des Concerts du Conservatoire
W 1907 roku uczestniczył w pierwszym wykonaniu Introdukcji i Allegro Maurice'a Ravela na harfę, flet, klarnet i kwartet smyczkowy. Wśród jego nagrań jako dyrygenta na szczególną uwagę zasługuje Symfonia d-moll Césara Francka (z siłami Konserwatorium).
W 1941 roku Gaubert zmarł na udar mózgu w Paryżu.