W swoich projektach Agatę Skwarczyńską interesuje symbiotyczna relacja między aktorem a projektowaną przestrzenią. Mimo to oba elementy istnieją osobno, a ciało aktora wypełnia przestrzeń, rozwija jej charakter i nadaje jej nowe znaczenie. Wszystko, co świadczy o ludzkiej naturze, jest głównym tematem prac Agaty Skwarczyńskiej, dlatego różnorodne formy istniejące w otoczeniu są dla niej bardzo inspirujące, gdyż stanowią naturalne tło życia człowieka. Projektuje obiekty takie jak rzeźby i instalacje.
Agata Skwarczyńska stworzyła różnorodne scenografie dla licznych scen teatralnych w Polsce i Europie.
W 2011 roku była kuratorką (projekt i koncepcja wystawy) Polskiej Wystawy Narodowej na Praskim Quadriennale - Performance and Space Design 2011. Polska wystawa "Wyzwolona energia" została zaprezentowana w czerwcu 2011 roku w czeskiej Pradze oraz w lipcu 2011 roku w Centrum Scenografii Polskiej w Katowicach.
W 2015 roku otrzymała nagrodę Złotej Maski za najlepszą scenografię do spektaklu "Królowa Margot" w Teatrze Polskim: "Królowa Margot" w Teatrze Polskim w Bielsku-Białej.
W 2017 roku wzięła udział w międzynarodowej wystawie sztuki scenicznej World Stage Design w Tajpej na Tajwanie. Jury przyznało jej złotą nagrodę w kategorii performance design za scenografię, kostiumy i reżyserię światła do spektaklu "Trędowata. Melodramat" z Teatru Polskiego w Bydgoszczy.
W 2017 roku otrzymała nagrodę za najlepszą scenografię do spektaklu "Przebudzenie wiosny" na Międzynarodowym Festiwalu Szkół Teatralnych w Rabacie w Maroku.
Prowadziła kursy mistrzowskie w: Craft Village, New Delhi, Indie; Centro de diseño, cine y television, Mexico city, Meksyk; kongresie USITT (United States Institute for Theatre Technology), Floryda, USA; Prague Quadrennial 2019, Czechy; Janáček Academy of Musical and Performing Arts, Brno, Czechy i innych.
W 2021 r. została zaproszona do stolicy jury wybierającego prace z dziedziny wizualnej sztuki teatralnej na kolejną edycję międzynarodowej wystawy World Stage Design 2022 w Calgary w Kanadzie.
Tworzy dzieła sztuki tekstylnej. Posiada doświadczenie w tkactwie tradycyjnym i plecionkarstwie warstwowym. W 2016 roku była artystką tekstylną na rezydencji w Craft Village w New Delhi w Indiach.
