Urodzona w artystycznej rodzinie w Tiranie w Albanii w 1981 roku, Elina Duni stawiała pierwsze kroki na scenie jako piosenkarka w wieku pięciu lat, śpiewając dla Narodowego Radia i Telewizji.
W 1992 roku, po upadku reżimu komunistycznego, osiedliła się w Genewie w Szwajcarii wraz z matką, gdzie rozpoczęła naukę gry na fortepianie klasycznym, a następnie odkryła jazz.
Później studiowała na kierunku jazzowym w Hochschule der Künste w Bernie. W tym czasie założyła kwartet Elina Duni z Colinem Vallonem na fortepianie, Patrice Moretem na kontrabasie i Norbertem Pfammatterem na perkusji. Stanowiło to powrót do jej muzycznych korzeni, połączenie bałkańskich pieśni ludowych i jazzu.
Po dwóch albumach, "Baresha" (2008) i "Lume Lume" (2010), oba w Meta Records, kwartet wydał dla ECM w 2012 roku "Matanë Malit" (Beyond the Mountain) i w 2015 roku "Dallëndyshe" (Swallow), które były chwalone przez szersze europejskie media za ich lekkość, a także subtelny sposób odkrywania albańskiego folkloru.
W 2014 roku Elina Duni wydała swój pierwszy album jako singer-songwriter w Kosowie i Albanii, zatytułowany "Muza e Zezë" (Czarna Muza).
W 2017 roku Elina Duni została jedną z laureatek Swiss Music Prize i rozpoczęła współpracę z wysoko cenionym londyńskim gitarzystą Robem Luftem.
Projekt zatytułowany "Partir", w którym Elina Duni występuje jako solistka (akompaniując sobie na fortepianie, gitarze akustycznej i perkusji), został wydany na płycie w kwietniu 2018 roku przez ECM i otrzymał świetne recenzje od europejskiej prasy.
W 2020 roku "Lost Ships" został wydany przez ECM Records z udziałem Roba Lufta, Freda Thomasa i Matthieu Michela i został doceniony przez prasę.
W 2023 roku "A Time To Remember" został wydany z tym samym kwartetem przez ECM Records.
