I. Mažeikienė pracuje w dziedzinie muzealnictwa od 1995 r. W ciągu dwudziestu lat intensywnej działalności zawodowej zgromadziła bogate doświadczenie w zakresie ochrony, badania i rozpowszechniania dziedzictwa artystycznego, o czym świadczą jej wystawy, katalogi, spostrzeżenia i nowe interpretacje dzieł. Każdego roku I. Mažeikienė wzbogaca skarbnicę kultury litewskiej o dzieła z trzech dziedzin: sztuki wileńskiej, diaspory litewskiej i sztuki zachodnioeuropejskiej. Mažeikienė zajmuje się sztuką wileńską od czasu studiów w Wileńskiej Akademii Sztuk Pięknych, publikując artykuły naukowe na ten temat, wygłaszając referaty na konferencjach, a od 2013 r. prowadzi stały cykl wystaw "Sztuka wileńska XIX-XX wieku" i popularyzuje sztukę wileńską przechowywaną w różnych instytucjach lub kolekcjach prywatnych. Jest kierownikiem ds. promocji eksponatów (wystawa "Bogowie i ludzie. Świat starożytnych mitów i legend" (2008), "Najpiękniejsze miasta Europy Zachodniej, ich pałace i parki" (2016-2017) itp.), a także prezentuje osobistości o światowym znaczeniu i ich dzieła. Była kuratorką wystaw "Kaprysy" Francisa Goi, spuścizny Antoine'a Watteau ze zbiorów Luwru oraz grafik i rysunków Alfreda Kubina.
Od 2013 roku Mažeikienė jest dyrektorem Muzeum Sztuki im. Witolda Kasiulisa. Wraz z Romualdasem Budrysem i Laimą Bialopetravičienė przejęła kolekcję dzieł i archiwów podarowanych Litwie przez rodzinę artysty, opracowała koncepcję wystawy i ukształtowała główne wytyczne nowego muzeum. Muzeum prowadzi ciągły program badań nad sztuką diaspory "Outcrops of Lithuanian Diaspora Art", który wzbogaca krajową dziedzinę sztuki o znaczącą spuściznę twórczą Arbita Blatasa, Alfonsasa Dargisa, Viktorasa Petravičiusa, Antanasa Mončiusa, Henrikasa Šalkauskasa i Evy Kubby.