Życie Juozasa Pakalnisa trwało jedynie 35 lat, jednak jego nazwisko na stałe zapisane jest w historii litewskiej muzyki jako dyrygenta, wykonawcy, pedagoga oraz przede wszystkim kompozytora i autora baletu "Panna z Okienka". Dziedzictwo muzyczne Juozasa Pakalnisa obejmuje kilkanaście solowych i chóralnych pieśni, kompozycje kameralne i symfoniczne, niedokończoną operę oraz jego największe dzieło - balet. Jego język muzyczny jest bliski okresowi późnego romantyzmu, a charakterystyczne dla jego kompozycji są bogate instrumentacje, melodyjność i liryczne motywy, często przypominające litewskie wątki ludowe, a energię muzyce nadaje ekspresywny rytm.
Juozas Pakalnis szybko zdobył uznanie w swojej ojczyźnie jako utalentowany muzyk. Mimo że większość czasu spędzał grając w orkiestrze, uczył na konserwatorium oraz koncertował, intensywnie tworzył aż do swojej śmierci. Jego wykonawcza i pedagogiczna działalność pomogła mu w dojrzewaniu i doskonaleniu swojego stylu, a studia na konserwatorium w Lipsku na zawsze ukształtowały go jako kompozytora.
Juozas Pakalnis urodził się 4 sierpnia 1912 roku w wiosce Veselkiškės, w rejonie Pakruojo. Po ukończeniu szkoły muzycznej w Kłajpedzie, gdzie uczył się gry na flecie u czeskich pedagogów Alberta Bursika i Franza Beninga, szkołę muzyczną Stasio Šimkaus w Kłajpedzie i wyjeździe do Kowna. Juozas Pakalnis wykładał grając na flecie w Kownie od 1931 roku w szkole muzycznej, a od 1933 roku w konserwatorium w Kownie, gdzie pracował również jako wykonawca koncertowy. Juozas Gruodis był jego nauczycielem kompozycji. Juozas Pakalnis zadebiutował jako dyrygent w radiu w Kownie w 1935 roku, a w 1936 roku został dyrygentem orkiestry symfonicznej Teatru Narodowego. Rozpoczynając karierę kompozytorską, odczuł braki w wiedzy teoretycznej, dlatego w 1938 roku podjął studia na konserwatorium w Lipsku, ale po roku z powodu sytuacji politycznej w Niemczech powrócił do Litwy.
Od 1940 roku Juozas Pakalnis pracował jako dyrygent w Teatrze Narodowym w baletach. W tym samym czasie został dyrygentem Teatru Komediowego w Muzyce w Kownie, założonego w 1941 roku. W 1945 roku Konserwatorium Państwowe w Kownie zaprosiło J. Pakalnisa do prowadzenia orkiestry symfonicznej studentów, a w 1947 roku nadano mu tytuł docenta. Jednak 28 stycznia 1948 roku zmarł niejasnych okolicznościach w Wilnie.
Zwłoki Juozasa Pakalnisa pochowano w Szancach k. Kowna, ale w 1970 roku zostały przeniesione do Panteonu Petrašiūnai, gdzie w 1973 roku postawiono pomnik (architekt M. Lagunavičienė). W rodzinnym miejscu założono muzeum pamiątkowe, a szkoła muzyczna została nazwana jego imieniem. Od 1992 roku organizowany jest konkurs narodowy dla młodych wykonawców imienia Juozasa Pakalnisa. Vaclovas Juodpusis napisał książkę „Juozas Pakalnis” (Wilno, 1972). W 1969 roku na ulicy Žemaičių w Žaliakalnisie umieszczono tablicę pamiątkową, a 31 maja 2001 roku odsłonięto nową tablicę pamiątkową z reliefem (rzeźbiarz Stasys Žirgulis).
