Urodzony w Marsylii, Yannis Pouspourikas studiował w Conservatoire Supérieur de Genève, a następnie w Operze w Zurychu, gdzie jednogłośnie otrzymał pierwszą nagrodę za dyrygenturę. Po debiucie w Genewie dyrygując Die Fledermaus w 1999 roku, został mianowany asystentem dyrygenta przez Sir Simona Rattle'a na Glyndebourne Festival.
Od 2002 do 2004 roku zajmował to samo stanowisko w Opéra National de Paris. W 2004 roku został mianowany dyrygentem-rezydentem Orchestre National de Lyon, a w 2005 roku został mianowany dyrygentem Orchestre Symphonique de Mulhouse, którą to funkcję pełnił przez cztery sezony. We wrześniu 2008 roku Yannis Pousspourikas został mianowany dyrektorem muzycznym Opera Ballet Vlaanderen, gdzie dyryguje bardzo zróżnicowanym repertuarem, od Nozze di Figaro po bardziej współczesne dzieła, takie jak Peter Grimes, Candide, Love for Three Oranges i Elektra. Do 2017 roku był również związany jako dyrygent z Aalto-Theater w Essen. Najważniejsze wydarzenia sezonu 2020/2021 to jego regularne występy w Theater Erfurt oraz nominacja na dyrygenta Biel Symphony Orchestra Solothurn i dyrektora koncertowego Theater Orchestra Biel Solothurn (TOBS) na sezon 2022/2023.
