20 июня 1991 года районное правление приняло постановление о создании в часовне Аникщяйского музея истории культуры. 2 ноября 1991 года, после многолетнего перерыва, в часовне на старом Аникщяйском кладбище была отслужена месса Святого Иоанна Божьего. В часовне кладбища была отслужена месса за всех аникщяйцев, похороненных на кладбище. 21 декабря того же года состоялось первое мероприятие - вечер, посвященный памяти профессора Стасиса Шалкаускиса.
В 1992 году часовня была передана музею. Весной 2012 года решением Муниципального совета Аникщяйского района был создан Аникщяйский центр искусств как новое учреждение культуры, а Аникщяйская часовня стала центром творчества Аникштенайского мира. Теперь аникщяйцы со всего мира всегда могут прийти сюда, чтобы встретиться и пообщаться. Уже несколько лет подряд проходит цикл выставок "Возвращение художников", в рамках которого демонстрируются работы художников, связанных с Аникщяй.
27 июля 2013 года у часовни был открыт памятник на месте старого кладбища - Всемирный Аникщяйский центр творчества. Отныне на этом месте будет установлена композиция "Святые ворота" (три креста), созданная скульптором Антанасом Жукаускасом, уроженцем Аникщяйского района. Мемориал патронируют Алдона и Альгирдас Авиженяй и муниципалитет Аникщяйского района.
В 2016 году на Аникщяйской часовне - Всемирном Аникщяйском центре творчества была установлена мемориальная доска в знак благодарности строителям одного из старейших зданий города Аникщяй, владельцам усадьбы Бурбишкис, Анупрасу и Филипине Венцловавичей (автор - художник по металлу Юргита Бугайлишкене).
