Первая римско-католическая церковь была построена в 1698 г. Владелец усадьбы Лелюнай, Я. Помарнацкас, построил вторую церковь. Нынешняя церковь была построена в 1901-1905 гг. Она имеет смешанную архитектуру с готическими, романскими и современными элементами. Проект разработал владелец усадьбы Пакальний, инженер А. Кулиеша. Строительство вела латвийская компания Anzolis. Кирпичи были обожжены в усадьбах Лелюнай и Сунгайлишкес. В 1813 году благодаря заботе священника А. Масайтиса в Лелюнайскую церковь был привезен 21-канальный орган, изготовленный знаменитой органной фирмой Гебеля из Кенигсберга. В настоящее время он является одним из лучших старинных инструментов в Литве и включен в Реестр культурных ценностей. Во дворе костела находится часовня из красного кирпича.
