Ансамбль Лишкявского костела и Доминиканского монастыря является памятником архитектуры XVII-XVIII веков. В 1694 году Владисловас Юргис Косила завещал Лишкяву доминиканским монахам Литовского воеводства по учредительной грамоте. После долгих судебных тяжб с женами В. Ю. Косылы монахи построили на крутом берегу Нямунаса костел и монастырь (завершен к 1741 году) с хозяйственными постройками, церковным двором, кладбищем и прилегающим к нему садом. Все здания были окружены высоким кирпичным забором.
После Третьего раздела Литвы и Польши Львов отошел к Пруссии, и заброшенные здания начали разрушаться. Около 1830 года Лишкявский монастырь использовался в качестве пенитенциарного учреждения для священников-разжалованных. Позже здания переходили из рук в руки. В 1920 году, когда Лишкява стала центром волости, в монастырских помещениях разместились почта, почтовое отделение и продуктовый магазин. В 1939 году представители самоуправления Алитусского уезда и Вилкавишкисской курии подписали соглашение о создании в монастырских зданиях туристического центра. Однако вскоре Лишкявский туристический лагерь превратился в лагерь для беженцев из Польши.
В 1941 году здание монастыря перешло в ведение Алитусского управления городского хозяйства. В 1946-1976 годах здесь была открыта восьмилетняя школа. В 1977 году монастырские здания были переданы объединению "Лелия": бывший центральный дворец монастыря планировалось использовать под пионерский лагерь - дом отдыха. В 1991 году этот проект пришлось изменить, так как часть монастырского здания была отдана под настоятельский дом.
В 1990-1997 годах церковь была отреставрирована, а в ее крипте был создан музей с мумифицированными останками.
