Музей в Утене был основан в 1929 году. 22 ноября того же года Утенское уездное правление своим письмом № 3444 разрешило инспектору школ второго района Утенского уезда Антанасу Намикасу создать музей и назначило его заведующим. Намикас, окончивший в 1917 году Императорский археологический институт в Москве, уже собрал значительную коллекцию археологических и древних трудов.
Музею было выделено большое помещение в новой начальной школе. Сейчас это начальная школа имени Раполаса Шалтениса на улице Я.Басанавичюса, 32. Уездное правление почти не выделяло средств на приобретение экспонатов. Самые ценные экспонаты Намикас купил на свои деньги, но большинство из них было отдано просто так. Пранас Шульга, учитель из Аникште, подарил шестиконечную булаву, а Августины из Дебейкяй - портреты Граткаускасов, участников восстания 1831 года. Учитель Дапкус из Куктиски принес тарелку с нечитаемыми иероглифами (дательный шрифт?), учитель Бронюс Путримас из Мазелишкяй - глиняный горшок с монетами Иоанна Казимира, а руководитель школы в Аланте Йонас Пуоджюс даже подарил золотой гульден. Многие археологические находки (каменные топоры, копья) принес в музей сам А. Намикас. Он собирал экспонаты и призывал других делать то же самое во время своих деловых поездок. Школьный сторож, которому уездное правление платило 15 литов в месяц, проводил экскурсии по музею. Сам управляющий работал за гроши.
Небольшие экспонаты музея были размещены в четырех стеклянных витринах. Портреты, прялки, изделия из дерева и другие предметы развешивали по стенам и даже ставили на подоконники. В 1940 году в регистрационной книге было зарегистрировано 740 экспонатов, но многие другие остались неучтенными.
Когда началась советская оккупация, Намикас был уволен со своего поста и покинул Утену. Музей остался без присмотра. Во время войны большинство экспонатов было уничтожено или разграблено.
25 марта 1945 года Государственная комиссия СССР по почтамтам назначила три должности в восстановленном музее: директора, главного научного сотрудника и уборщика - швейцарца. Я.Петрулис, заведующий отделом музеев, неоднократно призывал к восстановлению музея. К сожалению, отдел культуры и образования исполкома Утенского уезда и 27 января 1947 года оправдывался, что не может восстановить музей из-за отсутствия квартир. После долгих упрашиваний должность директора была отдана инспектору школ Антанасу Гадляускасу, а затем Вере Боевой, окончившей всего три класса.
01.06.1948 г. директором музея был назначен Бронюс Вансевичюс. На улице С.Дарюса и С.Гирено музей получил две комнаты: 16 м2 для экспозиции и 8 м2 для работы. 10 июля 1948 года директор внес в книгу экспонатов первые экспонаты реконструированного музея. Вскоре после этого в музей Утены попала часть коллекции Антанаса Рейниса из деревни Мадагаскар, разграбленной советскими войсками. Йонас Новосельскис, директор начальной школы Утены, передал сохранившиеся экспонаты музея, основанного А. Намикасом. Также была проведена инвентаризация фотографий Элты, и через полгода музей насчитывал уже 417 экспонатов.
С самого первого года работы восстановленный музей курировал представитель Главлита по Утенскому району - секретарь Утенского райкома ЛКП Снетковас Снетковас. Как только музей начал работать, он распорядился списать ценные книги записей о рождении (крещении) XVII века и восемь скульптур святых. Через три года он снова распорядился списать часть народного творчества, фотографии и книги. Даже фотографии "защитников народа" - скребков - было приказано убрать. Советские власти хотели скрыть тот факт, что первые зерновые кластеры для государства сопровождали вооруженные шкребы, без которых невозможно было провести выборы и депортации.
В 1951 году музей переехал в более просторное помещение на улице Я. Басанавичяуса № 55 (сейчас № 64). В 1955 году Каролис Керас начал работать в качестве научного сотрудника. Его особенно интересовали археологические исследования (на поселении Галеляй, городище Наркунай и старом поселении Пушалотас), в которых он принимал участие сам. В 1957 году Керас, который сам стал директором, приложил немало усилий, чтобы музей получил бывшее здание Революционного комитета 1918-1919 годов на площади Утени (тогда Тарыбу) № 1. В 1962 году директором музея стала Гене Вашкелите, а весной 1968 года ее сменила Винсента Рачиене. Новый директор с особым вниманием отнеслась к реконструкции выставки. Готовились планы экспозиции, интенсивно собирались экспонаты, начался капитальный ремонт музея. В 1971 году в Таурагнай был открыт первый филиал Утенского краеведческого музея - Мемориальный музей Т. Тилвитиса.
В 1973 году директором музея стал Балис Юодзевичюс. В том же году была открыта новая экспозиция музея. В подвале музея были выставлены ремесла (кузнечное дело, гончарное дело) и обработка льна. На первом этаже были добавлены разделы природы, археологии и истории. Много места было уделено XIX-XX векам. В экспозицию также вошел раздел, посвященный сельскому хозяйству и крестьянскому быту. Неплохо выполнен раздел народного творчества и крестьянская лавка. Второй этаж был посвящен истории Утенского района с 1917 года до наших дней. Один из залов был отведен под сменные выставки. По мере "взросления" социализма после каждого съезда Коммунистической партии ему требовалось все больше и больше места. Перемены на втором этаже были бесконечными.
После капитального ремонта в 1970 году музей остался без места для хранения. Экспонаты были собраны в аварийном неотапливаемом доме. В то время шла кампания по уничтожению усадеб. Без хранения и транспортировки музей потерял тысячи ценных экспонатов. Прошло несколько лет, прежде чем в соседнем с музеем здании (проспект Утенио, 3) постепенно было организовано небольшое хранилище. Постепенно коллекции музея росли. На конец 2007 года в историко-краеведческом музее Утены насчитывалось 60876 экспонатов. С 1948 по 2002 год общая площадь музея увеличилась с 24 м2 до 790,92 м2. Примерно до 1990 года музей был межрайонным (Аникщяй, Молетай и Утена). После создания музея в Молетае и после того, как Аникщяй начал собирать материалы не только об аникщяйских писателях, Утенский историко-краеведческий музей остался только за Утенским районом.
В 2000-2001 годах музей претерпел капитальный ремонт с реконструкцией. Два здания были соединены, а хранилище экспонатов переехало в бывший приют (проспект Утени, 15). Архитекторы Юлюс Масальскис и Витаутас Заранка спроектировали новую экспозицию музея. Мебель для новой экспозиции изготовила индивидуальная компания Жильвинаса Малинаускаса Architera. Подготовка новых экспозиций уже началась. Музей ведет научно - исследовательскую и издательскую работу, активную выставочную деятельность, образовательную деятельность и культурные мероприятия.