Костел является главной достопримечательностью Вилкии и заметным ориентиром на длинном участке долины Нямунас (высота его башен - 35 м). Автор проекта неизвестен.
Церковь выполнена в неоготическом стиле, с планом в виде латинского креста, многогранной апсидой и двуглавой крышей. В интерьере 3 нефа. Передний фасад сложной формы, разделенный слегка отодвинутым назад фронтоном между двумя высокими башнями. На церковном дворе в 1960 году народным художником Ю. Микутайтисом была возведена деревянная часовня, а в 2014 году был открыт камень с барельефом президента Валдаса Адамкуса.
