Хотя первый в мире городской музей был основан в Париже в 1866 году, волна подобных музеев на Западе началась в начале XX века. Идея создания музея в Вильнюсе также была своевременной и восходит к имперскому периоду. Первое известное упоминание о Вильнюсском городском музее относится к 1912 году, но воплотить идею в жизнь удалось лишь в межвоенный период.
На рубеже 1930-1940-х годов группа интеллектуалов, любителей города и ученых из тогдашнего польского Вильнюса решила создать городской музей. В 1929, 1930 и 1933 годах в прессе появлялись сообщения о том, что магистрат планирует выделить 10 000 злотых на создание городского музея. Рассматривались различные варианты размещения музея: от Ратуши до Слушкеского дворца или части Францисканского монастыря на улице Тракай, где в то время находился архив. Именно здесь художник Фердынандас Рущицас представлял себе будущий музей.
Вильнюсский городской музей начал свою работу 15 марта 1933 года. В этот день на встрече с Виктором Малешевским, президентом (мэром) Вильнюса, обсуждался вопрос о создании Вильнюсского городского музея. На встрече присутствовали Ян Булхак, президент Общества любителей науки, Михал Бренштейн, хранитель музея Общества любителей науки, Станислав Лоренц, консерватор воеводства и другие.
В то время замысел городских энтузиастов не был реализован из-за отсутствия средств, но через несколько лет, в 1939 году, муниципалитет приобрел здание в нынешнем здании на углу улицы К. Сирвидаса. По мере того как городской музей обретал осязаемую форму, общественность начала массово жертвовать в него произведения искусства.
Таким образом начала собираться коллекция музея и артефакты, связанные с историей столицы, но после начала Второй мировой войны музей так и не открыл свои двери. Идея создания Вильнюсского городского музея постоянно возникала и исчезала, а с момента первых попыток создать учреждение, посвященное жителям Вильнюса и постоянно меняющемуся городу, прошло почти сто лет.
Основа нынешнего музея была заложена в 2018 году благодаря работе исследователей города Вильнюса - искусствоведа и менеджера по культуре доктора Расы Антанавичюте, историка архитектуры доктора Марии Дремайте и историка доктора Расы Антанавичюте.
Поводом для создания Вильнюсского музея послужил предстоящий в 2023 году юбилей - 700-летие города.
Сейчас в Вильнюсе появился долгожданный музей. Это начало нового этапа в музейной истории города.