Дебютный спектакль режиссера был поставлен в Государственном молодежном театре по пьесе Шелаго Делани «Вкус меда» (1977). В течение года работал в Каунасском национальном драматическом театре, где поставил баллады Антона Чехова «Иванова и Саулюс Шалтенис Дуокишкис» (1978). Вернувшись в ТЮЗ, он создал спектакли, составляющие ХХ век. Золотой фонд Литовского театра: «Квадратас» по рассказу Валентины Елисеевой «О было так…» (1980), «Пиросмани», «Пиросмани» по рассказу Вадима Коростылева (1981), «Любовь и смерть в Вероне» по рассказу Кестутиса Антанелиса и Сигитаса Геда (1982), А День длиною в века по Чингизу Айтматову (1983), «Дядя Ваня» Антона Чехова, «Нос» по одноименному рассказу Николая Гоголя (1991). в 1992 году Эймунтас Некрошюс стал директором основанного в то время Литовского международного театрального фестиваля LIFE. На этой сцене были поставлены известные спектакли: «Моцарт и Салье», «Дон Жуан», «Чума по Александру Пушкину» (1994), «Три сестры» Антона Чехова (1995), «Гамлет» Уильяма Шекспира (1997). в 1998 году основал свою театральную студию Meno fortas, которой руководил до самой смерти. Первым спектаклем, поставленным в Арт-Форте, стал «Макбет» У. Шекспира (1999 г.), а в 2000 г. – «Отелло». Спектакли Некроши гастролировали по городам Европы, Азии и Америки. Важные работы, поставленные в Италии: в Ла Скала в Милане, в Театре Аргентина в Риме, в Театре Массимо в Палермо, в Театре Сторки в Модене. Режиссер, в 2012 и 2013 гг. был художественным руководителем Фестиваля классических представлений в Театро Олимпико в Виченце. В России Эймунтас Некрошюс создал в Большом театре Театр Наций в Москве. В Литве сотрудничал с Национальным драматическим театром в Вильнюсе, где в 2012 году поставил «Божественную комедию», а в 2015 году — «Бориса Годунова» (по А. С. Пушкину), и Литовским национальным театром оперы и балета, где поставил «Валькирию» Рихарда Вагнера ( 2007) и «Отелло» Джузеппе Верди (2011). Среди других известных постановок Некрошюса: «Песнь песней» по Ветхому Завету (2004 г.), «Фауст» Иоганна Вольфганга фон Гёте (2006 г.), «Анна Каренина» Льва Толстого (2008 г.), «Идиот» Федора Достоевского (2009 г.), «Фауст» Шарля Гуно. (2010), «Рай» (по Данте Алигьери, 2013), «Книга Иова» (2013), «Ночи» Адама Мицкевича (Театр Народовы, 2016). (2018). Эймунтас Некрошюс скончался 20 ноября 2018 года, похоронен на Шилувском кладбище..