Балакаускас закончил учебу в Вильнюсском педагогическом институте в 1961 году, а затем в 1969 году поступил на курс по композиции Бориса Лятошинского в Киевскую консерваторию. В свои первые годы в консерватории Балакаускас черпал вдохновение из произведений Стокхаузена, Булеза, Ксенакиса, Веберна и Мессиана. Тем не менее, уже к 1960-м годам он разработал свою собственную уникальную гармоническую систему, которая была названа "Балакаускас тонатностью" и сильно отличалась от атональности и сериальности, популяризованных Венской школой. Его революционная система использовала конкретные подмножества нот из двенадцати тонов и часто включала одновременное использование как минорных, так и мажорных терций, что придавало его композициям джазовое звучание, хотя композитор был быстр, чтобы прояснить, что это было всего лишь совпадением.
