Янник работал со многими ведущими европейскими коллективами, тесно сотрудничая с Берлинским филармоническим оркестром, Венским филармоническим оркестром, Синфоническим оркестром Баварского радио и Камерным оркестром Европы; с 2008 по 2014 год он также был главным приглашенным дирижером Лондонского филармонического оркестра. Он неоднократно выступал на "Би-би-си Промс" и на многих европейских фестивалях, среди которых Эдинбург, Люцерн, Зальцбург и Графенегг (Вена). Среди летних выступлений в Северной Америке - нью-йоркский фестиваль Mostly Mozart, Ланодьер, Вейл и Саратога, а также фестиваль Domaine Forget в Шарлевуа. С Филадельфийским оркестром он регулярно выступает в Карнеги-холле, где он стал Перспективным артистом на 2019-2020 годы. Он также проводит мастер-классы, в частности, в двух самых известных учебных заведениях - Институте Кертиса в Филадельфии и Джульярдской школе в Нью-Йорке. В Квебеке он руководит академией молодых дирижеров, связанной с метрополитенским оркестром, в тесном сотрудничестве с летним фестивалем Domaine Forget.
Длительное сотрудничество с летним фестивалем Баден-Бадена, La Capitale d'été, за эти годы привело к нескольким концертам и записям опер с Камерным оркестром Европы (см. следующий параграф), а также полных симфоний Бетховена (летом 2021 года) и цикла Брамса (летом 2022 и 2023 годов).
Он регулярно дирижирует Филадельфийским и Роттердамским оркестрами, а также Камерным оркестром Европы во время азиатских и европейских турне; в ноябре 2017 года он дирижировал Монреальским метрополитен-оркестром во время его первого европейского турне, которое прошло с огромным успехом, после чего, в ноябре 2019 года, состоялось очень престижное американское турне с певицей Джойс ДиДонато; планируется второе американское турне с оркестром, которое приведет их в Карнеги-холл в марте 2024 года. Летом 2023 года он провел очень успешное европейское турне с оркестром MET, который не выезжал на гастроли уже много лет; планируется азиатское турне.
Янник чувствует себя в опере так же комфортно, как и на концерте. С 2000 по 2004 год он играл в Монреальской опере в "Непобедимой Поппее", "Севильском цирюльнике", "Козырном пальто", "Пеллеас и Мелизанда" и "Элизир д'аморе", а также эпизодически в "Воццек", "Мадам Баттерфляй", "Саломея" и "Электра". Он дебютировал на Зальцбургском фестивале в 2008 году с новой постановкой Ромео и Джульетты Гуно и вернулся туда в 2010 и 2011 годах с Дон Жуаном Моцарта. В сезоне 2009-2010 годов он дебютировал в Метрополитен-опера (MET) в новой постановке Кармен Бизе; После этого он возвращался туда каждый сезон, чтобы дирижировать Дон Карло, Фаустом, Ла Травиатой, Русалькой, Отелло, Дер Летучим Голландцем, Парсифалем и Электрой, прежде чем стать ее музыкальным директором; В этой должности он дирижировал Травиатой, Пеллеасом и Мелизандой, Диалогами кармелиток, Турандотом, Воццеком, Тоской, Огнем, затаенным в моих костях, Эвридикой и Доном Карло (на французском языке). Кроме того, в сезоне 2022-2023 годов он будет поочередно дирижировать Часами, Лоэнгрином, Чемпионом и Ла Богемой. В сезоне 2023-2024 годов он будет дирижировать Мертвец идет, Флоренсия в Амазонии, Ла Форза дель Дестино и Ромео и Джульетта
Он дирижировал в театре Ла Скала (Милан), Королевском оперном театре (Ковент-Гарден, Лондон), Нидерландской опере (Амстердам) и Венской государственной опере (Вена). С Роттердамским филармоническим оркестром, незадолго до начала пандемии, он дирижировал полусценической версией Die fraù ohne schatten Рихарда Штрауса. В 2011 году для Фестшпильхауса Баден-Бадена он написал цикл последних опер Моцарта, записанных "вживую" на Deutsche Grammophon; на сегодняшний день вышли следующие произведения: Di Zauberflöte; La Clemenza di Tito; Le Nozze di Figaro; Entführung aus dem Serail; Cosi fan tutte; Don Giovanni, большинство из них - с Камерным оркестром Европы. В апреле 2022 года с Роттердамским филармоническим оркестром он дирижировал "Рейнгольдом" Рихарда Вагнера в концертной версии во время гастролей в Роттердаме, Париже, Дортмунде и Баден-Бадене, которые вызвали самые высокие оценки всей постановки. Аналогичный тур запланирован с Валькирией Рихарда Вагнера в марте 2024 года.
О карьере Янника Незе-Сегена было снято несколько фильмов, самый полный из которых вышел в 2021 году под названием Yannick, an Artist's Journey Сьюзан Фроамке, спродюсированный MET. Кроме того, в 2022 и 2023 годах Янник участвовал в качестве дирижера-консультанта в создании двух фильмов: Маэстро, американский фильм Брэдли Купера (который также играет главную роль) с Кэрри Маллиган в главной роли, рассказывающий о жизни Леонарда Бернстайна (на Netflix в ноябре 2024 года); и Счастливые дни, квебекский фильм Хлои Робишо с Софи Десмаре в роли молодой дирижерши.
Маэстро записывается исключительно для Deutsche Grammophon. В сентябре 2013 года состоялась его первая симфоническая запись под этим престижным лейблом; по этому случаю он руководит Филадельфийским оркестром, который не записывался под известным лейблом с 1997 года; их запись Стравинский (Обряд весны)-Стоковский (транскрипции Баха и Стравинского) имела огромный успех. С оркестром Chamber of Europe он записал полное собрание симфоний Мендельсона, а также полное собрание симфоний Шумана; с Rotterdams Philhamonisch Orkest - сувенирный бокс; с Даниилом Трифоновым и Филадельфийским оркестром - два диска с 4 фортепианными концертами Рахманинова. Дискография DG включает еще несколько записей, в том числе Пайковский с Лизой Батиашвили и Роттердамским филармоническим оркестром; и Видения Прокофьева с Лизой Батиашвили и Камерным оркестром Европы. После нескольких сценических исполнений Массы Леонарда Бернстайна Янник дирижирует Филадельфийским оркестром, а также всеми участниками записи, которая была выпущена в марте 2018 года. В 2021 году, все еще с Филадельфийским оркестром, он исполняет Симфонии 1 и 3 Флоренс Прайс; этот диск принес ему премию "Грэмми" за "лучшее оркестровое исполнение". С тем же оркестром он записал альбом Price-Dawson, номинированный на "Грэмми" в 2024 году.
С ATMA Classique и Монреальским метрополитенским оркестром, с которым он начал записываться в 2000 году, в специальном бокс-сете собраны все Брукнеровские симфонии, записанные за эти годы. После этого он вместе с ними начал Цикл Сибелиуса, последний альбом которого выйдет в 2024 году. Возвращение к фортепиано во время пандемии позволило его первому сольному фортепианному альбому Introspection увидеть свет на Deutsche Grammophon (февраль 2021 года). Другие записи доступны на различных лейблах: Роттердамский филармонический оркестр (EMI Classics, BIS); Лондонский филармонический оркестр (лейбл LPO); Монреальский оркестр Метрополитен (ATMA Classic); Берлинский филармонический оркестр (лейбл House); Венский филармонический оркестр (Sony Classical); и т.д.