Миндаугас Скудутис учился в Каунасской средней художественной школе имени Юозаса Науялиса в 1964-1968 годах. В 1976 году окончил Вильнюсскую академию художеств (бывший Государственный художественный институт ЛССР), с 1977 по 1987 год работал преподавателем в школе искусств имени Чюрлёниса, с 1989 по 2011 год - преподаватель Вильнюсской академии художеств; профессор (2007). В 1980-х и 1990-х годах вместе с художниками Бронюсом Гражисом, Хенрикасом Наталевичюсом, Раймундасом Слижисом и Романасом Вилкаускасом создал одну из первых неофициальных групп художников "Пенкетас". С 1989 года является членом Союза художников Литвы.
Создает фигуративные композиции, автопортреты, натюрморты, рисунки, коллажи и ассамбляжи. Пишет на религиозные темы. Среди наиболее заметных картин художника можно назвать: "Красная рубашка" (1974), "Вечерняя прогулка по старому городу" (1978), "Девушки" (1979), "Черный квадрат на черном фоне" (1979), "Метаболическая живопись" (1980), "Автопортрет / 33 года" (1981), "Химеры Магдебургского собора" (1982), "Король и королева" (1982), "Вечер (автопортрет)" (1984), "Двенадцать видов старого Вильнюса" (1985), "Ветреный день у моря" (1986), "Похороны" (1986), "Деревенский интерьер" (1986), "Гнездо" (1989), "Автопортрет" (1996), "Станции дороги Христа" (2002-2003). В 1979 и 1982 годах участвовал в 1-й и 2-й Балтийских триеннале молодых художников, а в 2007 году - в 13-й Балтийской триеннале живописи.
Иллюстрировал книги: "Gylys" (1982) Этели Лилианы Войнич, "Kaimas kryzkelėje" (1988) Йонаса Авижюса, "Burning" (1988) Йонаса Авижюса.
Совместно с искусствоведом Видасом Пошкумсом выпустил книгу "Videniškiai. Весной 2023 года, по случаю 700-летия Вильнюса, в Вильнюсской детско-юношеской художественной галерее прошла персональная выставка "Меняющиеся лица Вильнюса". Художник участвует в выставках за рубежом.
Работы М. Скудутиса хранятся в Литовском национальном художественном музее, Музее Вильнюсской академии художеств, Музее МО в Вильнюсе, костеле Св. Марии Магдалины (Кретингский район), Тартуская католическая церковь (Эстония), библиотека Вильнюсского университета, частные коллекционеры в Литве и за рубежом. В республиканской прессе опубликовал полемические статьи: "Еще раз об искусстве и науке" ("Kultūros barai", 2007), "Летний пленэр" ("Ziemeļ Atėnai", 2008), "Что такое искусство" ("Kultūros barai", 2009), "Мы не выучили уроков истории" ("Kultūros barai", 2009).
Работы Скудутиса отмечены следующими наградами: медаль Балтийской художественной выставки (1979), премия Союза художников Литвы и Золотой знак (2005), премия правительства Литвы в области культуры и искусства (2009).
В 2010 году художник был удостоен премии мэра Вильнюса за память о Вильнюсе в художественных произведениях.
Художник живет в Вильнюсе. Одна из главных тем его картин - Вильнюс и его повседневная жизнь. Автор использует свои картины не только для того, чтобы рассказать истории дорогого ему города, но и свою собственную жизнь через них. Старый город Вильнюса, особенно район Ужупис, по-прежнему очаровывает художника своей архитектурой и характерами, и он наслаждается последними знакомыми видами исчезающего города взглядом наблюдателя, на глазах которого стремительно меняются сюжеты, ракурсы, детали и уникальная архитектура дворов. Скудутиса можно назвать летописцем Вильнюса, фиксирующим его все более исчезающие черты, меняющиеся лицо, характер и жителей, маленькие и большие абсурдные ситуации, повседневные события, которые кажутся незначительными, но создают неповторимое настроение Старого города Вильнюса. Художник сказал: "Сейчас я рисую почти исключительно пейзажи Вильнюса, рисую до тех пор, пока не найду заброшенные, незакрашенные уголки, потому что таких мест становится все меньше. Кажется, скоро у меня не останется мотивов для картин"