1920-1940 постоянно жил в Каунасе, 1940-1954 работал в Вильнюсе, но в свободное время возвращался в Каунас, где жила его семья.
В 1920 году, после вторжения Л. Желиговского в Вильнюс, он оказался в Каунасе и был назначен представителем литовского правительства в комиссии военного контроля Лиги Наций, которая должна была разрешить вооруженный конфликт между Литвой и Польшей. Там он проработал до 1922 г. С 1922 по 1924 г. он был директором департамента Лиги Наций и польского департамента в Министерстве иностранных дел, а с 1924 по 1929 г. - внештатным заместителем руководителей различных департаментов.
Он был образован и владел несколькими иностранными языками, поэтому принимал участие во многих международных переговорах и конференциях.
В 1929 году вместе с другими основал Литовское общество по изучению культуры народов Союза Советских Социалистических Республик (СССР), был членом его правления, секретарем, библиотекарем, председателем в 1938-1939 годах.
1924-1932 - преподаватель исторического факультета Литовского университета, с 7 июня 1929 года - доцент. В конце 1931 года стал заведующим кафедрой, в 1932 году - профессором. Читал лекции по истории России, Польши, Франции, Латвии и Пруссии, но наибольший интерес представляли лекции по истории Литвы, которые были литографированы и изданы студентами в трех томах.
Для Литовской энциклопедии, вышедшей в 1931 году, написал статьи о князьях, вельможах, политических деятелях и договорах, а также об источниках по истории. Он написал исследования о Михаиле Литовском и "Об обычаях татар, литовцев и москвичей", но самая большая его работа - "Семья Витаутаса" (1932).
В 1933 году он возглавил курс для преподавателей литовской истории. Одним из самых талантливых его учеников был Адольфас Шапока.
И. Йонинас начал создавать научную библиотеку в Каунасе.
1944-1946 гг. он работал в Вильнюсском и Каунасском университетах, позже - только в Вильнюсском.
К 100-летию со дня рождения и 30-летию со дня смерти профессора в серии "Памятники литовской науки" была издана книга. Йонинас. В 1991 году в Жалиакалнисе, на доме по адресу ул. 3 Rūtų 3, была открыта мемориальная доска с надписью: "В этом доме в 1927-1954 годах жил историк, профессор Игнас Йонинас."
В 2008 году планируемой в Майронишкяй улице было присвоено имя И. Йонинаса.