<Родился в семье фермеров Антанаса Микутиса и Оны Бенетите (дети Антанас (род. 1917), Она (род. 1918), Юстинас (род. 1922), Игнас (род. 1924)). В 1931 году был принят в 3-й класс Гинталишкесской начальной школы, которую окончил в 1934 году. Осенью того же года поступил в Кретингскую францисканскую гимназию, которую окончил в 1941 году. В 1942 году поступил на философский факультет Каунасского университета имени Витаутаса Магнуса, чтобы изучать литовский язык и литературу, но в марте 1943 года, когда ВМУ был закрыт, вернулся в Самогитию. В октябре 1943 года начал работать учителем в школе Шиемулю в Кулю-Вальчюсе, а в декабре 1943 года перешел в Григайчяйскую начальную школу (Плателиу-Вальчюс, ныне Плунгский район). В декабре 1945 года был арестован, ложно осужден по статье 58 УК РСФСР и в июне 1946 года депортирован в Ухтинский лагерь, а в 1951 году переведен в Воркутинский лагерь в Коммунистической Республике Коми. В 1956 году он был реабилитирован, вернулся в Литву и постепенно стал символом дезадаптированной культуры, оказав влияние не только на деятелей культуры Советской Литвы, но и на диссидентские круги Москвы и Ленинграда.
Из-за бескомпромиссного отношения к советской власти и подорванного в ссылке здоровья ему приходилось зарабатывать на жизнь работой, не соответствующей его интеллекту и эрудиции: в Вильнюсском филиале Экспериментального научно-исследовательского института металлорежущих станков он работал техническим переводчиком (знал польский, немецкий, французский и русский языки), а затем подъемщиком на заводе. Его гениальная личность была особенно уникальна, когда он работал позировщиком в Вильнюсском художественном училище и Художественном институте (1957-1961, 1975-1981). На переменах, на смотрах работ, открытиях и обсуждениях выставок, в поездках он излагал ученикам и студентам свои оригинальные идеи о литературе, искусстве, архитектуре, истории, религиях, философии и особенно об экзистенциализме (по словам профессора Арвидаса Шалтениса, студенты проходили у него курс эстетики, литературы и философии искусства). По памяти он пересказывал на языке оригинала Гёльдерлина, Георга Тракля, Р.М. Рильке, Дж. Умер за день до создания Литовского движения убеждения. Похоронен на Карвелишкском кладбище в Вильнюсе. В 1989 году, в годовщину смерти Юстинаса, монсеньор Казимерас Василяускас освятил надгробие, высеченное Виляусом Орвидасом - "Распятый Христос".
Надгробие Виляуса Орвидаса на могиле Юстинаса Микутиса
Юстинас Микутис не только воспитывал, но и развивал человеческие ценности, моральное и политическое сознание. Три поколения художников называли Юстинаса Учителем и считали своим другом: Винцас Кисараускас, Сауле Кисараускене, Антанас Кмеляускас, Владас Вильджюнас, Витаутас Шерис, Альфонсас Винцентас Амбражунас, Валентинас Антанавичюс, Шарунас Шимулинас, Игнас Будрыс, Альгимантас Станкявичюс-Станкус; Леонардас Гутаускас, Арвидас Шалтенис, Пятрас Репшис, Повилас Ричардас Вайтиекунас, Альгимантас Швегжда, Антанас Мартинайтис; Арунас Вайткунас, Аудрюс Науйокайтис, Эугениюс Варкулевичюс, Алге Станкуте-Даргиене, Эгле Веланишките, Аудроне Петрашюнайте, Вилюс Орвидас и другие. Многие из них нарисовали, написали или изваяли портреты Юстинаса (более 70 работ). Выставки памяти Юстинаса проходили с 24 мая по 5 июня 1989 года. Дворец работников искусств в Вильнюсе, 27 апреля - 31 мая 2002 года.
Влияние Юстинаса ощущали и дружили с ним культурные люди других профессий: Сигитас Геда, Стасис Йонаускас, Пятрас Юоделис, Витаутас Клова, Марцелиус Мартинайтис, Бронюс Кутавичюс, Эдмундас Гедгаудас, чувашский поэт Геннадий Айги и др.
Память Юстинаса сохранилась и в литературе: в романах Леонардаса Гутаускаса "Ожерелье из волчьих зубов", "Письма из Виешвиле", эссе "Прощание Небилуса", поэме "Юстинас Микутис" (в сборнике "В порядке"); Геннадий Айги также посвятил Юстинасу стихотворение.
Говорили о "творческом акте Юстинаса" (Владас Вильджюнас), "философском театре одного человека" (Альфонсас Амбражунас). Микутис не пытался изложить все свои мысли в письменном виде, но оставил не менее 190 страниц рукописей, некоторые из которых были записаны его друзьями на магнитофон. В 1988-1997 годах в периодических изданиях возрожденной Литвы вышло несколько его публикаций, радиопередачи, воспоминания литовских художников и друзей о Юстинасе, а также двухсерийный документальный фильм "Крыжовниковое вино" (1991). Томас Сакалаускас написал о нем в своей книге "Четвертое измерение" (1998).