Франк Гратковски родился в Гамбурге в 1963 году и учился в Кельнском университете музыки и танца. Его инструментальное мастерство охватывает практически весь спектр деревянных духовых инструментов, включая флейты. Он интенсивно работает над тональными расширениями и модификациями своих инструментов в сольных проектах и малых составах, используя неортодоксальные техники игры и микротональные концепции, некоторые из которых он разработал сам. Как бэнд-лидер и композитор, он работает в широком контексте современной импровизационной музыки. В его творчестве нет четкого разграничения между композицией и импровизацией.
Еще будучи студентом, Гратковски работал с тромбонистом и композитором Клаусом Кенигом, в составе GrubenKlangOrchester Георга Грауэ и в биг-бэнде WDR. В 1995 году он создал трио Франка Гратковски с Дитером Мандершайдом на бас-гитаре и Джерри Хемингуэем на ударных. В 2000 году к ним присоединился голландский тромбонист Вольтер Виербос. С 2001 года он выступает в составе трио с Ахимом Кауфманом на фортепиано и Вильбертом де Юде на бас-гитаре. Со своей первой сольной программой он стал лауреатом конкурса "Musik kreativ". В качестве солиста он выпустил серию компакт-дисков "Artikulationen" (1991, 2000, 2023), состоящую пока из трех частей. В 2008 году создал экспериментальный саксофонный квартет "Fo[u]r Alto". Является одним из основателей оркестра Multiple Joy[ce], для которого также сочиняет. В последние несколько лет он все чаще сотрудничает с музыкантами молодого поколения, например, в квартете The Resonators.
Гратковски выступал в качестве солиста, руководителя группы или второго участника на самых важных немецких и многочисленных международных фестивалях. Среди прочего, он выступал с трио на фестивале Donaueschinger, получил заказ на создание композиции для ансамбля Zeitkratzer в 2014 году, был импровизатором-резидентом на австрийском фестивале новой музыки "Klangspuren" в 2021 году и работал в качестве солиста с оркестром Западногерманского радио (WDR). На Ноябрьском музыкальном фестивале в Ден Боше и Хаддерсфилдском фестивале современной музыки он выступал с ансамблем Apartment House, для которого написал заказную композицию. После работы "Mature Hybird Talking" для Ensemble Modern и с Ensemble Modern в 2022 году, он работал с Ensemble Musikfabrik в 2023 году.
Под своим именем Франк Гратковски выпустил около 50 компакт-дисков, в качестве сайдмена он участвовал в неизвестном количестве дополнительных постановок. В 2005 году он получил престижную джазовую премию SWR.
Франк Гратковски живет в Берлине. Он преподавал в консерваториях Арнема, Ганновера, Берлина и в настоящее время Кельна, а также имеет большой международный опыт в качестве университетского преподавателя и руководителя семинаров.