И. Мажейкене работает в области музеологии с 1995 г. За двадцать лет интенсивной профессиональной деятельности она накопила большой опыт в сохранении, изучении и распространении художественного наследия, о чем свидетельствуют ее выставки, каталоги, прозрения и новые интерпретации произведений. Каждый год И. Мажейкене пополняет сокровищницу литовской культуры произведениями из трех областей: вильнюсского искусства, литовской диаспоры и западноевропейского искусства. Мажейкене занимается исследованием вильнюсского искусства со времен учебы в Вильнюсской академии художеств, публикует научные статьи на эту тему, выступает с докладами на конференциях, а с 2013 года проводит непрерывный цикл выставок "Вильнюсское искусство XIX-XX веков" и популяризирует вильнюсское искусство, хранящееся в различных учреждениях и частных коллекциях. Она является менеджером по рекламе выставок (выставка "Боги и люди. Мир древних мифов и легенд" (2008), "Самые красивые города Западной Европы, их дворцы и парки" (2016-2017) и др.), представляет персон мирового значения и их произведения. Она курировала выставки "Капричос" Франсиса Гойи, наследия Антуана Ватто из коллекции Лувра, графики и рисунков Альфреда Кубина.
С 2013 года Мажейкене является директором Художественного музея Витаутаса Касюлиса. Вместе с Ромуальдасом Будрысом и Лаймой Бялопетравичене она приняла коллекцию работ и архивов, переданных в дар Литве семьей художника, разработала концепцию выставки и определила основные направления деятельности нового музея. Музей осуществляет постоянную программу исследований искусства диаспоры "Выходы искусства литовской диаспоры", которая обогащает национальное искусство значительным творческим наследием Арбита Блатаса, Альфонсаса Даргиса, Виктораса Петравичюса, Антанаса Мончюса, Генрикаса Шалкаускаса и Евы Куббы.
