Маркус Хубер родился в Мюнхене, Германия. Свою профессиональную карьеру он начал как солист-сопрано в оркестре Tölzer Knabenchor (1975-1982). Яркими событиями этого периода становления карьеры стали выступления с Гербертом фон Караяном, Джеймсом Ливайном, Вольфгангом Саваллишем, Николаусом Харнонкуром и Деннисом Расселом Дэвисом.
Он учился в Музыкальной школе в Мюнхене и Вене у Леопольда Хагера (дирижер), Карла-Германа Мронговиуса (фортепиано) и других. Во время учебы был репетитором в классе режиссуры Августа Эвердинга и обучал других студентов искусству фортепианного аккомпанемента солистам.
Дирижерскую карьеру начал в 1996 году в качестве репетитора и дирижера в театре Landestheater Detmold. Через год он был назначен на те же должности и руководителем второго хора Оперного театра Хемница. В 1999 году он был назначен главным дирижером Инструментальной коллегии Хемница. С 2002 по 2007 год был главным приглашенным дирижером Болгарского камерного оркестра, а в 2003 году стал главным дирижером Лейпцигского симфонического оркестра (Westsächsisches Sinfonieorchester Leipzig). С 2008 года - музыкальный руководитель Оперы Пфорцхайма.
По приглашению Маркус Хубер дирижировал многими известными оркестрами, среди которых Мюнхенский симфонический оркестр, Гамбургский симфонический оркестр, Государственный филармонический оркестр Рейнланда-Пфальца, Зюдвестдойче Филармония Констанца, Нордвестдойче Филармония, Филармония Зюдвестфалена, Новая филармония Вестфалена, Симфонический оркестр ОРФ, Радиофилармония Саарбрюккена, Johann-Strauß Ensemble Linz, многочисленные оркестры США, такие как Филадельфийский оркестр, Симфонический оркестр Сан-Франциско, Детройтский симфонический оркестр, Симфонический оркестр Цинцинатти, Филармонический оркестр Луизианы, Симфонический оркестр Юты, а также Филармонический оркестр Турку, оркестры в Токио, Сингапуре и Куала-Лумпуре.
С сезона 2019/20 он является новым главным дирижером Тюрингенской филармонии Гота-Эйзенах. Среди приглашенных дирижеров - Северо-Западная филармония и Йенская филармония.
Маркус Хубер уделяет значительную часть своего времени творчеству Рихарда Вагнера. В 2013 году он дебютировал с "Тристаном и Изольдой" в Новом Орлеане, затем исполнил фрагменты из цикла "Кольцо" со Штаатсфилармонией Рейнланд-Пфальц в 2014 году и "Лоэнгрина" в Пфорцхайме в 2015 году. В 2013 году был также выпущен диск с произведениями Моцарта и Регера в исполнении Бадишской филармонии. Диск получил очень положительный отклик в профессиональных кругах.