Маттиас Кун родился в 1974 году в Берне. Он учился игре на виолончели в Берне у Йоханнеса Бюле и дирижированию во Фрайбурге-им-Брайсгау у Адрианы Контино и Петера Гюльке. В качестве дирижера и виолончелиста он выступал на таких фестивалях, как Менухинский фестиваль в Гштааде, Биеннале в Загребе и MESS в Сараево.
Помимо постоянной работы в Берне с ансамблем Proton Bern, Маттиас Кун также дирижировал симфоническим оркестром, камерным оркестром и Камератой своего родного города. Кроме того, он сотрудничал с Базельским симфоническим оркестром, Collegium Novum и Камерным оркестром Цюриха, Пражской филармонией, Юго-Западным немецким камерным оркестром Пфорцхайма, польской филармонией Kameralna Sopot, а также Камерным оркестром Карлсруэ. Он был приглашенным лектором в Бернском университете искусств и преподает виолончель, дирижирование и камерную музыку.