Фокин родился в Санкт-Петербурге в семье зажиточного купца и в возрасте 9 лет был принят в Санкт-Петербургское императорское балетное училище. В том же году он дебютировал в спектакле "Талисман" под руководством Мариуса Петипа. В 1898 году, в день своего 18-летия, он дебютировал на сцене Императорского Мариинского театра в "Пахите" в составе Имперского русского балета. Помимо того, что Фокин был талантливым танцовщиком, он также увлекался живописью и проявлял талант и в этой области. Он также играл на музыкальных инструментах, в том числе на мандолине (играл на сцене в ансамбле под руководством Гинислао Париса), домре и балалайке (играл в Великорусском оркестре Василия Андреева).
Переход в хореографы
Он разочаровался в жизни танцовщика и начал рассматривать другие пути, в том числе живопись. В 1902 году ему предложили место преподавателя в Императорской балетной школе, и он смог изучить художественные возможности хореографии. В 1905 году он создал свой первый полнометражный балет "Ацис и Галатея", основанный на сицилийской легенде, который был поставлен его учениками. Среди его учеников были Деша Дельтейль и Бронислава Нижинская.
Среди ранних работ Фокина - балет "Ацис и Галатея" (1905) и "Умирающий лебедь" (1907), сольный танец для Анны Павловой, поставленный на музыку Le Cygne. В "Ацисе и Галетее" был акробатический танец с мальчиками, играющими фавнов, одним из которых был Вацлав Нижинский. Позже Фокин ставил Нижинского в балетах, в том числе в "Шопениане" (1907), который в 1909 году был переименован в "Сильфиду".
Фокин стремился выйти за рамки традиционного балета и перейти к методу использования балета для передачи естественной красоты человека. Он не считал, что виртуозные балетные приемы должны что-то символизировать, и полагал, что их можно заменить формами, которые лучше выражают эмоции и темы. Фокин твердо верил в коммуникативную силу танца и стремился к творчеству, ломающему традиции, считая, что традиции часто расходятся с реальностью и не могут передать весь спектр человеческих эмоций. Он считал, что если движения не выразительны, то они иррациональны и не вызывают ни восторга, ни терпения.
Фокин также стремился избавить балеты от искусственной техничности и устаревших костюмов. Он считал, что во многих балетах его времени использовались костюмы и техника, которые не отражали темы балетов. Фокин изучал греческое и египетское искусство, в том числе вазопись и скульптуру, и включал их в свои балеты. Как хореограф, он снимал балерин с пуантов, когда пуанты не служили "художественной цели". Он считал, что пуанты следует использовать, когда танцующее тело желает выразить тему парения и подъема, а не для демонстрации силы ног танцовщиков. Он представил эту новую идею руководству Императорского Мариинского театра, но не получил его поддержки. В 1907 году в балете "Юнис" Фокин попросил танцовщиков выступить босиком. Его просьба была отклонена, и Фокин нарисовал пальцы на трико танцовщиков, чтобы казалось, что они босые.
Он также экспериментировал с переносом акцента в движении с нижней части тела на все тело, более свободно используя руки и торс и задействуя каждую мышцу с четким намерением. Таким образом, Фокин стремился объединить движение с эмоциями и тело с душой, вдохнув новую жизнь в балет как в язык и искусство.
В 1923 году он поставил балет "Фрески Аджанты" для Анны Павловой, вдохновленной посещением пещер Аджанты.