Sonikas, Knucklesas ir Tailsas vėl susikauna su nauju galingu priešininku - Shadow, paslaptingu piktadariu, turinčiu kitokių galių, su kuriomis jiems dar neteko susidurti. Visais atžvilgiais pranokdami savo gebėjimus, Soniko komanda turi ieškoti neįtikėtino aljanso, kad galėtų sustabdyti Šešėlį ir apsaugoti planetą.