Spektaklio siužetinį pagrindą sudaro Kauno universiteto studento Juozo Lukšos išgyvenimų, tiesos ir laisvės paieškų drama pokario metais. Pasibaigęs karas neatneša taip lauktos ramybės ir taikos. Smulkaus ūkininko sūnus Juozas, Kauno universiteto studentas, grįžta į mokslus, naiviai tikėdamasis, kad Lietuvos šviesuoliams pavyks vienaip ar kitaip rasti išeitį ir nesusirgti „raudonuoju maru“, tačiau realybė pasirodo žiauresnė ir Juozas su draugais nusprendžia nutraukti mokslus ir išeiti į mišką partizanauti, taip tikėdamasis iškovoti Lietuvai laisvę. Deja, Juozas tampa daugelio savo draugų žūties liudininku, o svajonėms apie laisvę lemta sudužti. Partizano Juozo tragišką gyvenimo istoriją pasakoja jo ištikimas draugas šuniukas Kudlius – visiškai išgalvotas personažas. Anot spektaklio režisierės A. Sunklodaitės, atrasti šį personažą įkvėpė jos pačios namuose auginamas šuo: „Norėjosi surasti tokį padarą, kuris būtų labai žmogiškas, kuris puikiai suprastų, kas tai yra vienišumas, prieraišumas, ir kuris žinotų, kad viltis žūsta paskutinė.“ „Kudlius ir miško broliai“ – vilties, nuotykių, liūdesio ir pasididžiavimo kupinas spektaklis apie žmogaus pasirinkimą būti laisvam. Be jokių kompromisų ar išlygų. „Ar tai įmanoma? Kokia tos laisvės kaina?“ – svarsto pastatymo kūrėjai. Spektaklis skirtas Lietuvos valstybės atkūrimo 100 – mečiui.
