Jau 1938 m. pradėtos rinkti aukos naujos bažnyčios statybai. Pagal inžinieriaus architekto Juozo Baltrėno projektą už tikinčiųjų paaukotus pinigus 1957–1960 m. pastatyta dabartinė mūrinė bažnyčia, viena retų bažnyčių, kurias leista statyti sovietmečiu.
1961 m. areštuoti bažnyčios statybos organizatoriai: klebonas Liudvikas Povilonis (1910–1990; vėliau arkivyskupas), vikaras Bronislovas Burneikis (1923–1991) ir dar 5 asmenys. Nuteisti kunigai iškalėjo po 4 metus. Bažnyčios pastatą valdžia nusavino. 1963 m. joje įkurtas LTSR filharmonijos filialas. Nugriautas bokštas, išardyti altoriai, įrengta filharmonija. Dailininkas Antanas Kmieliauskas, 1960 m. nutapęs freską Didžiajam altoriui, buvo išmestas iš Dailininkų sąjungos (1989 m. A. Kmieliauskas sukūrė naują freską).
1988 m. bažnyčia grąžinta tikintiesiems, paskirtas klebonu ir dekanu monsinjoras B. Burneikis suremontavo bažnyčią ir kleboniją (1988 m. lapkričio 25 d. laikytos pirmos Šv. Mišios). 1989 m. atstatytas bokštas, lietuvių meistrų Darbėnuose nulietas 3 tonų varpas. JAV lietuviai pranciškonai dovanojo vargonus.
