Liškiavos bažnyčios ir dominikonų vienuolyno ansamblis yra XVII-XVIII a. architektūros paminklas. 1694 m. fundaciniu raštu Vladislovas Jurgis Kosyla Liškiavą užrašė Lietuvos provincijos dominikonų vienuoliams. Po ilgų teisminių kovų su V. J. Kosylos žentais vienuoliai ant stataus Nemuno kranto pastatė bažnyčią ir vienuolyną (baigti mūryti iki 1741 m.), prie kurių šliejosi ūkiniai pastatai, šventorius, kapinynas, sodas. Visi pastatai buvo aptverti aukšta mūro tvora.
Po Trečiojo Lietuvos-Lenkijos padalinimo Liškiava atiteko Prūsijai, o apleisti pastatai pradėjo griūti. Apie 1830 m. Liškiavos vienuolyne buvo įkurti kunigų demeritų (nusikaltusių kunigų) pataisos namai. Vėliau pastatai ėjo iš rankų į rankas. 1920 m. Liškiavai tapus valsčiaus centru, vienuolyno kambariuose įsikūrė raštinė, paštas, smulkių prekių parduotuvė. 1939 m. Alytaus apskrities savivaldybės ir Vilkaviškio kurijos atstovai pasirašė sutartį dėl turizmo centro įkūrimo vienuolyno pastatuose. Tačiau netrukus Liškiavos turizmo stovykla virto pabėgėlių iš Lenkijos stovykla.
1941 m. vienuolyno pastatą perėmė Alytaus komunalinio ūkio skyrius. 1946–1976 m. čia veikė aštuonmetė mokykla. 1977 m. vienuolyno pastatai atiteko „Lelijos“ susivienijimui: buvusius vienuolyno centrinius rūmus planuota pritaikyti pionierių stovyklai – poilsio namams. 1991 m. šį projektą teko pakoreguoti, nes dalis vienuolyno pastato atiteko klebonijai.
1990–1997 m. bažnyčia buvo restauruota, o jos požemiuose įrengtas muziejus su mumifikuotais palaikais.
