Pagrindinės Just. Marcinkevičiaus kūrybos temos buvo Lietuva, jos istorija, dabartis, gamta ir kultūra, žmogus Tėvynėje ir pasaulyje, žmogaus egzistencinė problematika: laimė, kančia, ištikimybė, pareiga, dora.
Just. Marcinkevičius į Lietuvos dramaturgijos ir teatro istoriją įėjo savo trilogija: „Mindaugas“, „Katedra“, „Mažvydas“, kurioje skausmingai apmąstomas Lietuvos valstybės susidarymo ir suvienijimo etapas, architekto kūrėjo ir tarnavimo bažnyčiai santykis bei gimtosios kalbos tautoje išsaugojimo būtinybė. Ši trilogija sovietmečiu stiprino tautiškumą, žadino domėjimąsi kalba ir istorija.
Just. Marcinkevičiaus poezijos branduolys – lietuvių tautos savasties, jos istorinio kelio bei likimo apmąstymas. Svarbiausias lietuvių tautinės tapatybės šaltinis poetui buvo kaimo agrarinė kultūra. Todėl jo eilėraščiuose ir poemose kasdieniai žemdirbių darbai, buitis ir daiktai vaizduojami kaip šventas ritualas, pakylėjami į sakralumo ir mito plotmę. Just. Marcinkevičiaus kūriniuose daug Lietuvos kaimo gamtos – laukų, pievų, upių, ežerų – jausmo. Viena esminių poeto kūrybos atramų buvo ir lietuvių tautosaka, ypač liaudies dainos, iš kurių jis perėmė ne tik daugelį poetinių įvaizdžių, bet ir melodingą intonaciją, deminutyvinių formų vartoseną. Iš gamtinių ir mitinių tautosakinių įvaizdžių yra susiklosčiusi kone visa Just. Marcinkevičiaus poetinė metaforika.
