1975 m. baigė Kauno Juozo Gruodžio konservatoriją. Baigė Lietuvos muzikos akademiją 1980 m. - prof. Domo Svirskio violončelės klasę, 1989 m. - prof. Vytauto Laurušo kompozicijos klasę.
Nuo 1979 m. dirba Lietuvos nacionaliniame simfoniniame orkestre. 1991–1997 m. griežė Šv. Kristoforo kameriniame orkestre, 1995–2000 m. – Vilniaus naujosios muzikos ansamblyje. Su ansambliu ir orkestrais koncertavo daugelyje šalių.
Arvydas Malcys yra Lietuvos kompozitorių sąjungos ir Lietuvos muzikų sąjungos narys.
Arvydo Malcio opusai buvo atliekami tarptautiniuose Lietuvos ir užsienio muzikos festivaliuose "Gaida", "Jauna muzika" , "Iš arti" , Gento šiuolaikinės muzikos festivalyje (1999), Ravenos festivalyje (2002), Tarptautiniame kompozitorių reviu Belgrade (2003, 2004), ISCM pasaulio muzikos dienose Liublianoje (2003), "Sinfonia Baltica" Rygoje (2001, 2004), Kremliaus kalėdinės muzikos festivalyje Maskvoje (2007), "XXI amžiaus perspektyvos" Jerevane (2007), "Europos Kalėdose" Rygoje (2008), "Two Days and Two Nights of New Music" Odesoje (2009, 2010, 2012), "Europa-Azija" Kazanėje (2009), "Kiev Music Fest" (2009, 2010), "Kammermusikfest Lockenhaus" (2010), „Aktualios muzikos galerija“ Maskvoje (2011), "Gogolfest" Kijeve (2012), forume "Euro-Mediterranean Music Expo" Kipre (2012), Jurijaus Bašmeto festivalyje Maskvoje (2013), Schleswig-Holstein muzikos festivalyje (2013) taip pat koncertuose daugiau kaip trisdešimtyje Europos, Azijos, Šiaurės ir Pietų Amerikos šalių.
2004 metais tarptautiniame kompozitorių konkurse "Sinfonia Baltica" Rygoje autorius laimėjo trečiąją premiją už kūrinį "Virš mūsų tik dangus" simfoniniam orkestrui, 2005 m. Juozo Karoso kompozicijos konkurse - pirmąją premiją už Koncertą fortepijonui ir kameriniam orkestrui, 2006 m. kompozitorių konkurse "Mozart 250" Maskvoje - Dirigento prizą už kompoziciją "In memoriam" styginių orkestrui, 2008 m. Juozo Karoso kompozicijos konkurse - pirmąją premiją už kūrinį "Saxchord" tenoro saksofonui ir styginių kvartetui; 2007 m. kompozicija "Cantus sirenum" pelnė antrą vietą Tarptautinio Haifos fleitos festivalio konkurse. 2009 m. kūrinys "Narcizas" laimėjo atranką į privalomą programą tarptautiniame Max Rostal altistų konkurse Berlyne 2009 m. Kompozitorius yra išleidęs devynis autorinius CD.
