Lietuvos istorikas, rašytojas ir švietėjas, vienas iš pirmųjų tautinio atgimimo ideologų.
Gimė laisvųjų valstiečių šeimoje. Motina palaidota Lenkimų bažnyčios šventoriuje.
Mokėsi Kretingos pradinėje ir Žemaičių Kalvarijos 4 klasių mokyklose, Vilniaus gimnazijoje, 1822 m. baigė Vilniaus universitetą, bet dėl filomatų-filaretų bylų teisių magistro diplomą gavo tik 1825 m. Iškart po to išvyko į Rygą, kur tarnavo Rygos generalgubernatoriaus kanceliarijoje.
Nuo 1835 m. Senato valdininkas Sankt Peterburge, didesnę tarnybos dalį dirbęs už Lietuvos Metriką atsakingame Senato padalinyje. S. Daukanto ir jo bendražygių pastangomis iš carinės valdžios 1841 m. gautas leidimas steigti parapijines lietuviškas mokyklas Lietuvoje. Šis leidimas legalizavo jau veikiančias mokyklas ir leido plėsti jų tinklą, kas labai prisidėjo prie lietuvių kalbos išlaikymo ir plėtojimo.
Jau Sankt Peterburge pradėjo bendradarbiauti su Motiejumi Valančiumi. 1850 m. grįžo į Žemaitiją. S. Daukantas tikėjo lietuvių tautą atgaivinti kultūrinės veiklos keliu, nematė politinio išsivadavimo iš Rusijos imperijos realių perspektyvų, tad, nors ir prijausdamas, pats nedalyvavo nei 1830–1831 m., nei 1863–1864 m. sukilimuose.