Markas Antuanas Šarpantjė gimė 1643 m. Paryžiuje. Ilgą laiką dėl gimimo metų buvo abejojama, o diena tebėra nežinoma. Jo tėvas buvo meistras-raštininkas. Apie jo jaunystę nežinoma nieko. Tikėtina, kad jis mokėsi pas jėzuitus. Buvo paplitusi istorija, kad M. A. Šarpantjė kilęs iš menininkų giminės ir jaunystėje keliavo į Romą, kad taptų tapytoju. Nėra rasta jokių dokumentų, kurie patvirtintų šią istoriją. Jis tikriausiai atvyko į Romą 1666 ar 1667 m. Pasak istorijos, jis mokėsi muzikos pas kompozitorių Dž. Karisimį tris metus, kuo abejojama. Visgi aišku, kad M. A. Šarpantjė buvo gerai susipažinęs su to meto Italijos kompozitorių kūrybą: du anksčiausi žinomi M. A. Šarpantjė parašai buvo aptikti jo turėtose Dž. Karisimio ir F. Baretos kūrinių kopijose. Grįžusį iš Romos kompozitorių rėmė grafienė Marija de Loren (Lotaringietė, de Giz), kuri jį apgyvendino savo rūmuose Paryžiuje. M. A. Šarpantjė jai dirbo rūmų kompozitoriumi ir dainininku iki grafienės mirties 1688 metais.
Pažintis su įtakinga Gizų gimine matyt suvedė M. A. Šarpantjė su karališkąja teatro trupe (Moljero trupe). Tuo metu Ž. B. Liuli apleido bendradarbiavimą su trupe ir jo funkcijas perėmė M. A. Šarpantjė. 1672 m. įvyko teatro pasirodymas su vien M. A. Šarpantjė muzika ir jis bendradarbiavo su trupe vėlesnius du dešimtmečius (1680 m. pervadinta į Comédie-Française). Mercure galant žurnalo 1679 m. rugsėjo numeryje pranešta, kad M. A. Šarpantjė sukūrė muziką mišioms Šv. Liudviko šventės proga, kurias užsakė dvaro dailininkas Šarlis Le Brenas. 1680 m. pranešta apie besirenkančius klausytojus į cistersų Bua abatiją išgirsti M. A. Šarpantjė Tenebrae kompozicijas. Kompozitorius kūrė trijų balsų motetus ir kitiems vienuolynams, tarp jų Port Rojalio, kuriam dar sukūrė mišias su atskiromis dalimis, dedikuotomis vienuolyno šventiesiems Pranciškui ir Margaritai. 1679−80 ir 1682−83 m. jis buvo pakviestas kurti muziką Prancūzijos dofino kapelai. Pasak Mercure galant, jo motetai patiko karaliui Liudvikui XIV-ajam. Tikėtina, kad būtent dofino kapelos muzikantams M. A. Šarpantjė sukūrė didelės apimties motetą 1683 m. mirus karalienei Marijai Terezai (In obitum augustissimae nec non piissimae gallorum reginae lamentum) ir jį akomponuojantį De profundis.
M. A. Šarpantjė dirbo kapelmeisteriu jėzuitų Klermono kolegijoje (1683 m. pervadinta į Liudviko Didžiojo kolegiją) ir vėliau muzikos metru jėzuitų principinėje Šv. Liudviko bažnyčioje Paryžiuje. Jo darbas pas jėzuitus truko apie 10 metų, maždaug iki 1690-ųjų vidurio. 1683 m. M. A. Šarpantjė pretendavo į naujai įkurtą muzikos režisieriaus ir kompozitoriaus pareigybę karaliaus Liudviko XIV dvare, tačau pasitraukė iš konkurso dėl suprastėjusios sveikatos. Matyt atsilygindamas už darbą su dofino kapela, Liudvikas XIV tais pačiais metais skyrė kompozitoriui pensiją. 1692−93 m. M. A. Šarpantjė buvo Šartro hercogo Filypo Orleaniečio, būsimo Prancūzijos regento, muzikos mokytoju. 1693 m. Paryžiaus operoje pastatytas garsiausias kompozitoriaus kūrinys − dramatinis muzikinis vaidinimas „Medėja“ pagal T. Kornelio (P. Kornelio brolio) libretą. Šis pastatymas sulaukė neprielankių įvertinimų tikriausiai įtakojus neperseniausiai mirusio Ž. B. Liuli gerbėjams, kuriems nepatiko esą italizuotas M. A. Šarpantjė muzikos stilius.
1698 m. muzikos metro pareigybės vieta Šv. Koplyčioje Teisingumo rūmuose tapo laisva mirus ankstesniam metrui. Tai buvo antra pagal prestižą religinė muzikinė pareigybė po karaliaus dvaro Versalyje kapelos muzikos metro. Įsikišus Šartro hercogui, į šią vietą buvo paskirtas M. A. Šarpantjė. Jis Šv. Koplyčioje išdirbo iki mirties, vadovavo ceremonijų ir apeigų muzikinei daliai, kūrė muziką joms ir mokė choro berniukus dainavimo. Kai kurie brandžiausi kompozitoriaus kūriniai sukurti atlikimui Šv. Koplyčioje: motetai Motet pour une longue offrande (1698–99), Judicium Salomonis (1702) ir mišios Assumpta est Maria. Markas Antuanas Šarpantjė mirė 1704 m. vasario 24 d., Paryžiuje. Pasak liudijimo, jis buvo palaidotas Šv. Koplyčioje, bet jo kapas nerastas. Labai mažai kompozitoriaus kūrinių buvo publikuoti jo gyvenimo metu. Didžiąją dalį M. A. Šarpantjė kūrybos sudaro religiniai (sakraliniai) vokaliniai kūriniai. Tai 11 mišių, 84 kūrinių psalmėms, 207 motetai − viso apie 500 religinių kūrinių. Kita svarbi M. A. Šarpantjė kūrybos dalis − apie 30 kūrinių teatrui.
