P. Ebenas augo Pietų Čekijos krašte, buvo auklėjamas katalikiška dvasia, nors ir buvo žydų kilmės. Mokėsi groti fortepijonu, violončele, vargonais. 1944 m. pakliuvo į Buchenvaldą, kur pasisekė išgyventi. Pokaryje įstojo į Prahos muzikos akademiją, kur studijavo kompozicijos ir fortepijono disciplinas. 1955 m. pradėjo dėstyti Prahos Karolio universitete (Univerzita Karlova v Praze). Nuo 1978 m. dėstė kompoziciją Mančesterio Karališkajame koledže (Royal Northern College of Music). Nuo 1990 m. – festivalio „Prahos pavasaris“ prezidentas.
P. Ebenas pagarsėjo savo fortepijoninėmis ir vargonų improvizacijomis Vestminsterio, Paryžiaus (Notre Dame de Paris) katedrose ir kt. Kompozitorius kūrybinių idėjų sėmėsi čekų ir moravų folklore, sakralinėse giesmėse. P. Ebeno kūriniai skamba didžiuosiuose Europos muzikos festivaliuose Zalcburge, Avinjone ir kt. Jo kūriniai įtraukti ir į Lietuvos atlikėjų repertuarus (vargonininko B. Vasiliausko ir kt.).
