Jongenas, laikomas didžiausiu Belgijos kompozitoriumi nuo Franko laikų, nuo pat pradžių patyrė didelę Francko muzikos įtaką. Ankstyvą sėkmę jis pasiekė kamerinėje muzikoje su žymiu fortepijoniniu kvartetu ir apdovanojimus pelniusiu 1-uoju styginių kvartetu, taip pat keliuose orkestro kūriniuose, ypač „Fantasie on Walloon Christmas Carols op.24“. Jongeno kompozicinis stilius vystėsi per tris laikotarpius: pirmasis laikotarpis demonstravo Francko ciklinį traktavimą ir Fauré moduliacijas. Antrasis laikotarpis, apie 1910 m., parodė reakciją į Debussy impresionistinį stilių, ypač akivaizdų jo proveržio kūriniuose – sonatoje violončelei (1912) ir „Epithalme et Scherzo“ trims smuikams ir orkestrui. Garsiausias šio laikotarpio kūrinys buvo Simfonija Concertante vargonams ir orkestrui. Trečiajame laikotarpyje, nuo trečiojo dešimtmečio pabaigos, Jongenas įtraukė ir neoklasicizmo, ir modernizmo aspektus, parodytus tokiuose kūriniuose kaip Preliudas ir Chaccone styginių kvartetui op. 101, Styginių trio op. 135, ir Koncertas fortepijonui op. 127. Keisdamas stilių, Jongenas išlaikė nuoseklų formos, idėjos ir amato derinį, galiausiai pasiekdamas individualų stilių, kuris nusipelno platesnio pripažinimo.
