Fransua Kuperenas gimė 1668 m. lapkričio 10 d. Paryžiuje muzikų giminėje. Jo tėvas Šarlis Kuperenas buvo muzikantas ir žinomas kūriniais klavesinui (nei vienas neišliko). Dėdė Lui Kuperenas (1626−1661) buvo karaliaus muzikantas ir taip pat kompozitorius. Fransua buvo apmokytas tėvo ir 1679 m. tėvui mirus, motina sūnų atidavė mokyti Žakui Lomelenui, Saint-Jacques-la-Boucherie bažnyčios (neišlikusi) vargonininkui. Šarlis Kuperenas buvo vargonininku Sen Žervė (Saint Gervais) bažnyčioje ir jos taryba nusprendė, kad sūnus užims tėvo vietą, o iki jis sulauks pilnametystės bus samdomas laikinas vargonininkas. Ž. Tomelenas buvo garsus to meto vargonininkas ir jo mokomas F. Kuperenas taip pat tapo puikiu muzikantu. 1685 m. jis buvo pasamdytas vargonininku Sen Žervė bažnyčioje su 300 livrų alga ir 1689 m. jam suteiktas būstas bei alga pakelta iki 400 livrų, tiek kiek mokėta anksčiau jo tėvui. 1689 m. jis vedė Mariją Aną Anso, 1690 m. jiems gimė pirmasis vaikas, duktė Marija Madlen. Tuo pat metu F. Kuperenas pradėjo rašyti ir platinti pirmąsias savo muzikines kompozicijas, skirtas vargonams. 1693 m. vienas iš karališkųjų vargonininkų postų Versalyje tapo laisvas ir F. Kupereną tarp kitų kandidatų pasirinko karalius Liudvikas XIV. Jo alga šiame poste buvo 600 livrų. 1694 m. jis paskirtas karaliaus vaikų klavesino mokytoju ir iki 1706 m. mokė akomponavimo ir kompozicijos Burgundijos hercogą. 1695 m. jis paminėtas pirmos klasės vargonų ir klavesino mokytoju. 1701 m. žurnale Mercure galant paminėta, kad jis grojo koncertuose Orleano hercogo ir karališkuosiuose rūmuose.
F. Kuperenas garsėjo ir buvo gerbiamas klavesininkas. Jam buvo suteiktas riterystės rangas ir jis pasirašinėjo savo vardą su kavalieriaus (ševaljė) titulu, pavyzdžiui, 1705 m. ant duktės Margaritos Antuanetės krikšto liudijimo. 1707 m. jam gimė trečiasis ir paskutinis vaikas, sūnus Nikolia Lui, kuris mirė kūdikystėje. Kaip kompozitorius, F. Kuperenas labiausiai pagarsėjo kūriniais klavesinui, kurių siuitos buvo publikuotos keturiose knygose 1713−1730 metais. Kiti kompozitoriai dedikavo savo publikacijas jam. 1717 m. F. Kuperenas tapo pirmuoju karaliaus Liudviko XV klavesinininku, tačiau jau tuo metu jo sveikata pradėjo prastėti. Greitai jis atsisakė visų turėtų postų: paprašė karaliaus, kad jo klavesininko postas pereitų jo dukteriai Margaritai Antuanetei ir 1723 m. parūpino, kad į vargonininko postą Sen Žervė bažnyčioje būtų priimtas pusbrolis Nikolia Kuperenas. Savo posto atsisakymą jis motyvavo tuo, kad nebegali užlipti į savo vietą prie vargonų. Jis nebepajėgė 1724 m. prižiūrėti savo ketvirtosios knygos paruošimo publikavimui. Po ilgų sunkių metų Fransua Kuperenas mirė 1733 m. rugsėjo 12 d. Paryžiuje, buvo palaidotas Šv. Juozapo bažnyčioje. Jo kūriniai klavesinui pasižymėjo prancūziškos muzikos ypatybių vienijimu su itališkosios mokyklos bruožais. Jis buvo ypač paveiktas A. Korelio ir išplatino Prancūzijoje itališką trio sonatos formą. Jis taip pat yra sukūręs kamerinės muzikos koncertų ir religinių kūrinių (Leçons de ténèbres, 1715).
