Sukūrė daug vokalinių ir instrumentinių kūrinių. Tai choro ir solo dainos, kantata „Sveika būk, tėvų šalie“, „Giesmė Kunigaikštienės Birutės garbei“, opera „Jūratė ir Kastytis“ – 1955 m. (1970 m. išleista ir įrašyta į plokštelę, premjera 1972 m. balandžio 29 d.).
Harmonizavo apie 500 lietuvių liaudies dainų, kurių nemažai išleista atskirais sąsiuviniais: „Liaudies dainos chorui“ 1934–1935 m., „Liaudies dainos mišriajam chorui“ 1948 m. (Vokietijoje), „Liaudies dainos mišriajam chorui“ 1950 m. (Čikagoje), „ Liaudies dainos mišriajam chorui“ 1951 m. (Čikagoje), „100 liaudies dainų“ 1951 m. (Čikagoje), „Aušrelė vakarinė“ 1987 m. (Vilniuje, sudarė A. Petrauskas), „30 liaudies dainų vyrų chorui a cappella“ 1991 m. (Kaune) ir „88 liaudies dainos“ 1993 m. (Čikagoje).
Sukūrė kūrinių smuikui, fortepijonui, violončelei ir kitiems instrumentams, parašė straipsnių ir recenzijų. Jo dainos „Lino žiedas“, „Po aukštus kalnus“, „Paskutinis vakarėlis“, „Nei vėjas pučia“, „Atsikėlus anksti rytelį“ skambėjo JAV ir Kanados lietuvių dainų šventėse Čikagoje ir Toronte, jo dainas dainuoja ir Lietuvos chorai.
1996 m. išleista muzikologės Onos Narbutienės knyga „Kazimieras Viktoras Banaitis“. Kompozitorius minimas ir Vokietijos enciklopedijoje „Riemann Musik Lexikon“.
