P. Beinaris žinomas ir kaip kompozitorius, sukūręs per 100 įvairiausių kūrinių: giesmių, mišių, kantatų, dainų chorams ir solistams, muzikos vargonams ir orkestrui; 1947 m. parašė „Requiem“. Išpopuliarėjo jo giesmės „Kas, kas“, „Iš sudužusio laivo“, „Tavo apgynimo“, „Ecce sacerdos“, „Tu lūpomis savo kalbėk“, „Sveikinu Tave, Marija“, „Mano maldos Tau pasakytos“ ir kt.
Lietuvai atgavus nepriklausomybę, sukūrė „Tautos prisikėlimo“ ir „Tautos atgimimo“ mišias. Jo giesmes sąlygiškai būtų galima suskirstyti į Advento, Gavėnios, Velykų, Eucharistines, Marijos ir kitokias. Vokalinę muziką daugiausia kūrė pagal Bernardo Brazdžionio eiles.
2006 m. už nuopelnus Kaunui kultūros srityje apdovanotas trečiojo laipsnio Santakos garbės ženklu.
